atac-seq原理

  • ATAC-seq原理与步骤
    答:ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP) 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内,找出所有的OCR。
  • ATAC-seq是什么?ATAC-seq的基础知识。
    答:ATAC-seq,全称"Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughput sequencing",是一种高通量测序技术,用于揭示染色质区域的调控因子结合位点,以及转录因子对核小体位置的影响。其核心原理是利用活性的Tn5转座酶在开放染色质区域(OCR)插入测序接头,然后进行测序,从而推断可接近性区域的特征。
  • 详细解读CHIP-seq,ATAC-seq
    答:2. ATAC-seqATAC-seq用于评估全基因组染色质可及性,通过Tn5转座酶识别开放染色质区域,反映基因活动状态。2.1 定义:通过转座酶探查可访问的DNA区域,检测染色质的活跃程度。2.2 意义:染色质可及性与基因转录密切相关,ATAC-seq描绘了转录因子结合区域和核小体位置。2.3 流程:包括样品制备、转座、...
  • ATAC-seq测序原理(染色质可及性)
    答:ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种用于研究染色质开放区域(即易于转录因子和其他蛋白质结合的DNA区域)的技术。ATAC-seq利用一个被称为Tn5转座酶的蛋白质将测序接头插入到活跃的染色质区域,转座酶的作用导致DNA断裂,产生长度不等的DNA片段。这些片段反映了染色...
  • 什么是ATAC-seq
    答:ATAC-seq技术的创新之处在于,它通过DNA转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割,以此获取基因组中在该特定时空下所有活跃转录的调控序列。这项技术提供了关于基因组活跃区域的详细信息,对于理解基因表达调控机制具有重要意义。细胞核内的DNA由DNA分子和蛋白质共同构成,每条染色单体为一个线性DNA分子...
  • ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq
    答:ATAC-seq:(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。染色体由核小体为单元组成,而蛋白质缠绕(我记得是1.75圈...
  • ATAC-seq:染色质开放性测序技术
    答:ATAC-seq全名Assay for Transposase Accessible Chromatin,其核心在于利用转座酶检测染色质的可进入性。染色质结构复杂,DNA与组蛋白紧密缠绕形成串珠状,折叠成微型染色体,便于存储于细胞核内。基因表达过程需要解开部分染色质结构,即开放染色质,这涉及组蛋白修饰,特别是乙酰化的作用。传统方法如MNase-seq...
  • 一文读懂染色质可及性及ATAC-seq
    答:ATAC-seq与ChIP-seq等其他测序方法有异同,例如ChIP-seq主要研究特定转录因子的结合位点,而ATAC-seq则能检测全基因组开放区域。它们在峰形和应用上有所不同:ChIP-seq的峰代表转录因子结合点,ATAC-seq的峰则代表开放区域两端。ATAC-seq适用于未知转录因子的筛选,而ChIP-seq则针对已知转录因子进行特异性...
  • 组学技术——ATAC-seq
    答:[4]所以ATAC-seq利用这个特点,将测序所用adaptor加在Tn5转座酶上,这样Tn5转座酶就可以将adaptor添加到开放染色质区域的DNA两端,这样就可以对这部分序列进行测序了。(当然作者们对其可行性进行了一波三折的评估,包括将其与之前经典的染色质结构研究组学技术 DNase-Seq 和 FAIRE-Seq 结果的比较)还有其...
  • 入门ATAC-seq,你需要知道什么?
    答:入门ATAC-seq分析,首先需要理解数据处理流程,如碱基质控、mapping、序列筛选、reads的移动、peak calling等环节。数据处理后,通过bed和bw文件进行可视化和分析,质量控制是关键,如确保足够的覆盖度和信噪比,以及重复性和重复peak的评估。常规下游分析包括绘制热图,进行功能注释,以及对特定区域的选取和操作...

  • 网友评论:

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