chip-seq片段化较小
答：即N-ChIP（native-ChIP）；相较于X-ChIP，N-ChIP技术有一系列的优点，包括：高分辨率（MNase的使用使得染色体的片段化可以小至核小体）、避免了甲醛交联带来的非特异性蛋白在DNA上的富集、避免了甲醛交联对抗原表位的遮盖、步骤的减少降低了样品
答：测序仪不能分辨的碱基为N，若超过5%则WARN，超过20%则FAIL。理论上每次测序仪测出的read长度一致，但由于建库等因素通常会导致一些小片段，如果报FAIL，表明此次测序过程中产生的数据不可信。未过滤之前如图一，clean之后会出现图二，越短的reads越少，不会正态分布。序列完全一致的reads的频率。横轴表示...
答：我的理解是，这样使得chip-exo捕获的片段更小，peak calling的精度更高，同时计算的motif也能更准确。
答：蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
答：不同的过滤软件都会有和接头 stringency 相关的参数设置，比如reads和接头最小的重叠碱基数、最多的错配数。当设置一个比较小的stringency值，就保证最为严格，能检测绝大多数的接头。比如 trim_galore 的这个参数（默认是非常严格：数值1）：大部分的ChIP-seq数据都是短读长，去低质量不是必须的。但是...
答：ChIP-seq有助于揭示这些调控机制。1.3 流程：包括交联、片段化、免疫沉淀、DNA回收和测序分析等步骤。2. ATAC-seqATAC-seq用于评估全基因组染色质可及性，通过Tn5转座酶识别开放染色质区域，反映基因活动状态。2.1 定义：通过转座酶探查可访问的DNA区域，检测染色质的活跃程度。2.2 意义：染色质可及...
答：在细胞响应外部刺激或不同发育阶段时，基因的表达模式会发生改变。通过Chip-Seq技术，科学家们能够研究这些基因表达的动态变化，并进一步探讨转录因子的调控机制。例如，通过对染色质免疫沉淀得到的DNA片段进行测序，可以确定转录因子在基因组中的结合位点，这对于理解基因表达的调控机制至关重要。此外，我们还...
答：很显然，如果在基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，那么在该位置检测到 DNA 片段堆叠就会越高。反之，如果没有蛋白结合，在该位置就会几乎没有DNA 片段堆叠。为了研究方便，我们将这些DNA片段堆叠叫做峰 (Peak)。将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来，就会看到峰。这里需要知道，ChIPseq是...
答：并对整个基因组范围内的结合情况进行全局分析。通过Chip-seq，可以揭示染色质修饰和蛋白质结合在基因调控中的作用。因此，Chip和Chip-seq的主要区别在于Chip-seq结合了高通量测序技术，可以对整个基因组进行分析，而不仅仅是特定DNA序列的富集。这使得Chip-seq成为研究基因调控和染色质修饰的强大工具。
答：组蛋白修饰chipseq和转录因子chipseq区别是形状不同。1、组蛋白修饰chipseq是圆形，点状结合和更长的染色质结构域。2、转录因子结合是棱形，它的特征峰，峰型高，而且窄。
网友评论：
井鸿17076988820：
样本甲醛处理后还能提取到完整的dna吗 -
17900蔡舍
： 跟提取的整个流程有关,如果提取的质量好,DNA片段是完整的.但是,即使再小心,也会有部分的片段化,通过琼脂糖电泳检测,一般条带大于10kb,可以认为提取合格,满足大多数实验要求.
井鸿17076988820：
chip - exo sequencing和chip - seq的区别 -
17900蔡舍
： exo就是exonucleases,能够从5'至3'方向消化没有和蛋白结合的DNA.我的理解是,这样使得chip-exo捕获的片段更小,peak calling的精度更高,同时计算的motif也能更准确.
井鸿17076988820：
CHIP - seq的基本介绍 -
17900蔡舍
： 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究.将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段.ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序.研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息.
井鸿17076988820：
chip - seq 的input需要扩增后测序吗 -
17900蔡舍
： 严格意义上不只是要做input,control也要做的(考虑到蛋白富集非靶向拉去的DNA片段) 当然很多时候,基本也做个input,input是一定要做的,要不然没办法做peak的calling.
井鸿17076988820：
RNA 电泳出现4条带,不知道什么原因 -
17900蔡舍
： 其实你要首先理解一下电泳染色的原理. 电泳时,我们一般使用的染色剂比如EB啊,GEL-Red啊之类的,都是潜入DNA双螺旋的分子间,所以能拿来作为结合染色染料.而对于RNA,其大多为单链形式存在,这些染料还能进行染色的原因,是因为其的大分子还能发生自身或相互间的2级缠绕,使得染料还有掺入的余地. 那么,如果这些大分子发生降级或者片段化成为小片段,发生自身缠绕的和相互聚合的几率及小了很多,染料难于掺入,当然不显色. 而对于测OD值来说,我们关注的是其吸光度,吸光度这与RNA中的碱基有关,与分子结构无关,所以当然能测出值来.并且,降解和片段化的程度越高,暴露出的碱基愈多,吸光度也越大,测出的值当然也越高,这是不矛盾的.
井鸿17076988820：
CHIP - seq的应用领域 -
17900蔡舍
： 由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;(4)CTCF转录因子研究.
井鸿17076988820：
基因表达调控研究中主要实验技术有哪些 -
17900蔡舍
： 基因表达调控主要实验技术有:ChIP、RIP、RNA pull-down、EMSA、Luciferase 1、 ChIP实验 通过与染色质片段共沉淀和PCR技术,在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段.将处于适当生长时期的活细胞用甲醛交联后将细胞裂解, 染色...
井鸿17076988820：
细胞凋亡的生化特征主要有哪些 -
17900蔡舍
： 1.形态学变化形态学观察细胞凋亡的变化是多阶段的,细胞凋亡往往涉及单个细胞,即便是一小部分细胞也是非同步发生的.首先出现的是细胞体积缩小,连接消失,与周围的细胞脱离,然后是细胞质密度增加,线粒体膜电位消失,通透性改...
井鸿17076988820：
chip - seq找转录因子结合位点用什么抗体 -
17900蔡舍
： 在clade选择Mammal,genome选择Human,assmebly选择最新的数据库,gene中输入ANKH,在track中选择RefSeq Genes,在output format中选择sequence,点击get output,根据需要选择序列,选择genomic-submit.
井鸿17076988820：
chip - sequencing得到的是什么数据 -
17900蔡舍
： 随着学科的发展,目前许多研究都涉及高通量数据分析 (high throughput data analysis). 比较常见的是测序结果分析,例如RNA-seq、CHIP等等. 众所周知,数据分析是高通量测序应用于生物研究最关键的步骤,分析不好,得到的海量数据无异于一堆垃.
