chipseq步骤
答：首先，实验操作包括：步骤一，使用甲醛将细胞（或组织）固定，使目标蛋白与染色质结合；步骤二，分离出基因组DNA，通过超声波将其打断成可测序的片段；步骤三，添加特异性抗体，形成免疫沉淀复合体，捕获目标蛋白；步骤四，去交联并纯化DNA，获取免疫沉淀DNA样本，为后续测序做准备；步骤五，对样本进行深度...
答：ChIP-seq 是一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，其流程涉及多个步骤:交联与提取: 使用甲醛增强细胞通透性，目标蛋白与DNA交联，随后裂解并提取核DNA。片段化与免疫沉淀: DNA通过超声或酶消化片段化，实验组与抗体结合形成复合物，对照组则直接解交联。沉淀后，通过蛋白酶和盐处理去除非特异性片段。测序与...
答：1、使用甲醛将目标蛋白（组蛋白，转录因子等）与染色质交联固定起来 2、从细胞裂解液分离基因组DNA，通过超声打断DNA为一定长度的小片段 3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体会与目标蛋白形成免疫结合复合体沉淀，收集这些沉淀 免疫结合复合体 = 靶蛋白 + 抗体 + 靶蛋白结合的DNA 4、去交联，分开蛋...
答：对于高级数据分析，我们有更深入的处理步骤。首先，我们将ChIP-Seq序列与参考序列进行比对，以确定序列的准确性和一致性。接着，进行Peak calling，即找出样品中显著的DNA区域（峰检测和计数），并计算平均峰长度和峰长的中位数。我们还关注样品Uniquely mapped reads在基因区域和基因间区的分布情况，以及对...
答：为理解器官功能特异的内皮细胞发育提供了重要线索。简而言之， CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法，该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持，并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。
答：1.2 转录因子调控：转录因子通过DNA结合域与基因序列结合，调控基因表达。ChIP-seq有助于揭示这些调控机制。1.3 流程：包括交联、片段化、免疫沉淀、DNA回收和测序分析等步骤。2. ATAC-seqATAC-seq用于评估全基因组染色质可及性，通过Tn5转座酶识别开放染色质区域，反映基因活动状态。2.1 定义：通过...
答：1.甲醛交联对后续结果分析的影响？自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术，十几年后核心步骤仍无大变化。然而，ChIP-seq技术实际存在一定 的缺陷，例如甲醛交联 。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂，但由于其反应活性仅限于胺，因此其交联效率较低；对哺乳动物细胞而言，其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联...
答：因此可通过CHIP-seq分析组蛋白修饰的分布寻找基因的启动子区和增强子区域及其是激活或抑制基因表达。H3K4me1可作为增强子的标志，H3K4me3作为启动子标志。研究表明，H3K4me1和H3K4me3与基因激活相关，H3K4me3主要富集在转录起始位点附近的启动子区域，而大多数H3K4me1修饰富集在增强子区域；H3K27ac与基因激活相关...
答：- HOMER Motif 分析基本步骤 ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-Seq数据挖掘系列-5...
答：上一步骤用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的.narrowPeak文件，接下来就是对peaks的注释。这篇主要用Y叔的R包ChIPseeker对peaks的位置（如peaks位置落在启动子、UTR、内含子等）以及peaks临近基因的注释。.bed文件 由上游测序数据处理而来 TxDb文件 TxDb.Hsapiens.UCSC....
网友评论：
闻咏17316214924：
染色体免疫共沉淀(CHIP)的实验步骤 -
1168隆幸
： 染色体免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是基于体内分析发展起来的方法,也称结合位点分析法,在过去十年已经成为表观遗传信息研究的主要方法.这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰.ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系.近年来,这种技术得到不断的发展和完善.采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性,是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路的一种非常有效的工具.
闻咏17316214924：
CHIP - qPCR/CHIP - Seq,哪个更好做 -
1168隆幸
： 随着学科的发展,目前许多研究都涉及高通量数据分析 (high throughput data analysis). 比较常见的是测序结果分析,例如RNA-seq、CHIP等等. 众所周知,数据分析是高通量测序应用于生物研究最关键的步骤,分析不好,得到的海量数据无异于一堆垃.
闻咏17316214924：
染色质免疫沉淀(ChIP)中Input内参是做什么用的? -
1168隆幸
： 在进行免疫沉淀前,需要取一部分断裂后的染色质做Input对照.Input是断裂后的基因组DNA,需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联,DNA纯化,以及最后的PCR或其他方法检测.Input对照不仅可以验证染色质断裂的效果,还可以根据Input中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量,按照取样比例换算出ChIP的效率,所以Input对照是ChIP实验必不可少的步骤.
闻咏17316214924：
chip - exo sequencing和chip - seq的区别 -
1168隆幸
： exo就是exonucleases,能够从5'至3'方向消化没有和蛋白结合的DNA.我的理解是,这样使得chip-exo捕获的片段更小,peak calling的精度更高,同时计算的motif也能更准确.
闻咏17316214924：
如何通过chip确定与基因结合的蛋白质 -
1168隆幸
： 染色质免疫沉淀,所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照.当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起.如果你是只知道你的蛋白.染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,可是双链或...
闻咏17316214924：
如何利用MACS注释和可视化ChIP - seq结果 -
1168隆幸
： 这里的提示已经提供操作步骤了 第一:选择顶部菜单【查看】 第二:选择【可视化助理】 第三:把不可见的元素前全打上勾即可.
闻咏17316214924：
新基因功能的研究方法设计实验,研究一新基因功能.简述流程. -
1168隆幸
：[答案] 基因功能的研究思路主要包括: 1.基因的亚细胞定位和时空(发育期或梯度药物处理浓度,不同组织/器官)表达谱; 2.基因在转录水平的调控(可以通过genome walking PCR或通过已有的资源库寻找该基因的启动子等转录调控区域,通过单杂交或...
闻咏17316214924：
如何将光盘转换成U盘 -
1168隆幸
： 光盘转换成U盘的步骤方法:1、用chip genius检测一下U盘的主控芯片,然后下载对应的量产工具. 2、打开下载的量产工具. 3、点击右边的“扫描USB设备”,等一下就可以看见自己的U盘信息了. 4、然后点右边的参数设置,会出现...
闻咏17316214924：
为什么放到U盘里的文件都打不开 -
1168隆幸
： 方法/步骤 1、下载ChipGenius U盘识别工具(小D使用的是ChipGenius_v4_00_0027版本),打开. 2、插入U盘,软件自动识别U盘,显示主控芯片,与闪存识别码. 3、百度一下主控芯片型号,下载相关的量产工具(如U盘是安国的芯片,下...
