基因组学-Chapter 2 遗传图谱的绘制

遗传图谱的绘制

       1.遗传图 通过遗传学方法，以遗传图距为单位绘制的染色体上基因或标记之间相对位置的连锁图。

       2.物理图  通过DNA克隆，细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间位置上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图，有确定的物理距离，如碱基对数目。

       3.为什么既要绘制遗传图和物理图

       （1）基因组太大，需要分散测序，然后将分散的顺序按原来位置组装，需要图谱进行指导

       （2）基因组存在大量重复测序，干扰排序，因此要高密度组图

       （3）遗传图和物理图各有优缺点，需要相互整合校正

4.基因组测序的研究路线

5.分子标记与基因组作图

   （1）目标：基因组测序的基因策略是将整个基因组分割成小片段进行测序，然后对小片段进行组装，使其回到原位置。

   （2）标记：为了确保分散的小片段正确归位，必须寻找一些标记，他们在染色体上的位置已知，唯一的、确定的，并且位于不同测序片段之中。这些标记可以指导DNA克隆准确锚定到染色体的确切位置。

分子标记： 染色体上的基因和DNA顺序均可作为路标，路标具有物理属性，有特定DNA顺序组成。路标位于染色体上的位置是固定的

座位 Locus 和 位点Site

Locus 座位是经典遗传学常用概念，指染色体上经遗传分析确定的某个位置，可以是基因、DNA顺序或分子标记，但具体物理位置不确定。因此Locus系指遗传单元在染色体所占据的相对位置。

Site 位点是指基因组物理图上某一确定的DNA顺序

遗传作图标记

（1）第一代分子标记 单一顺序多态性

（2）第二代分子标记重复顺序多态性（重复序列比较短，但重复次数不一样，根据重复次数确定）

（3）第三代   单核苷酸多态性

内容摘自复旦大学杨教授的《基因组学》课程。

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