EDF文件介绍 以CHB-MIT数据集为例
EDF文件深度解析:以CHB-MIT数据集为例
让我们通过EDFbrowser软件来直观感受MIT数据集中的EDF文件。医生通过在患者大脑上放置24个电极,获取到23个电生理信号通道,每个通道记录着时序的电位波动,医生通过观察这些波形,寻找可能的异常,如癫痫发作时的大脑异常放电。
EDF文件结构详解
EDF文件结构包括两个关键部分:文件头信息和数据存储区域。文件头信息分为前后两部分,其中:
- 文件头信息 - 前半部分</: 这部分包含了采集行为的重要信息,比如通道数、采集时间、患者基本信息和总数据量。在C语言中,我们需要定义一个结构体来解析这些数据,比如edf_param_struct。
- EDF头文件差异</: EDF+与EDF在前半部分有所不同,EDF并不存储患者详细信息。
- 文件头信息 - 后半部分</: 这是核心部分,记录着每个通道的参数详情,如信号参数。edf_param_struct结构体详细展示了这些参数。
文件头中的关键数据项包括:
- datarecord_duration</: 单位时间长度
- smp_in_datarecord</: 单位时间内数据量
- frequency</: 数据采样率
- smp_in_file</: 一个通道总数据量
- 总时间</: 由总数据量除以频率得出
- datarecords_in_file</: 文件中的数据记录数
- annotations_in_file</: 文件中的标注数
数据存储区域承载着标注和电位数据,它们是构建模型预测疾病的重要数据来源。
数据读取与处理
通过C++编程实现EDF文件读取时,可以利用edflib库,如调用edfopen_file_readonly获取文件信息,edf_get_annotation获取标注,edfread_physical_samples读取电位数据。数据通常以二维形式处理,适用于CNN模型进行分析。
遇到的挑战与解决方案
当我们尝试使用EDFbrowser和C++读取北京大学的数据集时,遇到了问题。第34通道的电位数据异常,可能是EDF+文件的特性。Python能读取的原因在于它处理0通道时会给出警告,但C++则可能无法处理。未来,计划深入研究edflib代码,尝试修改以兼容这类数据。
Python读取实例
读取CHB-MIT数据集的核心代码展示了Python如何处理,即使遇到0通道,它也能给出警告继续读取。
继续探索Python源代码,可以看到它通过RawEDF类,调用相关函数逐字节读取信息,对文件进行合法性检验,即使遇到0通道,程序会给出警告而不会停止。
总结与展望
明天,我们将继续深入分析C++的edflib库,期待通过修改代码,使EDF文件读取更为全面,包括处理0通道的场景。同时,复习专业课程知识,以提升对EDF文件处理的理解。
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