EDF文件介绍 以CHB-MIT数据集为例

EDF文件深度解析:以CHB-MIT数据集为例


让我们通过EDFbrowser软件来直观感受MIT数据集中的EDF文件。医生通过在患者大脑上放置24个电极,获取到23个电生理信号通道,每个通道记录着时序的电位波动,医生通过观察这些波形,寻找可能的异常,如癫痫发作时的大脑异常放电。


EDF文件结构详解

EDF文件结构包括两个关键部分:文件头信息和数据存储区域。文件头信息分为前后两部分,其中:



文件头中的关键数据项包括:



  1. datarecord_duration</: 单位时间长度

  2. smp_in_datarecord</: 单位时间内数据量

  3. frequency</: 数据采样率

  4. smp_in_file</: 一个通道总数据量

  5. 总时间</: 由总数据量除以频率得出

  6. datarecords_in_file</: 文件中的数据记录数

  7. annotations_in_file</: 文件中的标注数


数据存储区域承载着标注和电位数据,它们是构建模型预测疾病的重要数据来源。


数据读取与处理

通过C++编程实现EDF文件读取时,可以利用edflib库,如调用edfopen_file_readonly获取文件信息,edf_get_annotation获取标注,edfread_physical_samples读取电位数据。数据通常以二维形式处理,适用于CNN模型进行分析。


遇到的挑战与解决方案

当我们尝试使用EDFbrowser和C++读取北京大学的数据集时,遇到了问题。第34通道的电位数据异常,可能是EDF+文件的特性。Python能读取的原因在于它处理0通道时会给出警告,但C++则可能无法处理。未来,计划深入研究edflib代码,尝试修改以兼容这类数据。


Python读取实例

读取CHB-MIT数据集的核心代码展示了Python如何处理,即使遇到0通道,它也能给出警告继续读取。


继续探索Python源代码,可以看到它通过RawEDF类,调用相关函数逐字节读取信息,对文件进行合法性检验,即使遇到0通道,程序会给出警告而不会停止。


总结与展望

明天,我们将继续深入分析C++的edflib库,期待通过修改代码,使EDF文件读取更为全面,包括处理0通道的场景。同时,复习专业课程知识,以提升对EDF文件处理的理解。



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