我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择

注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验
本次只针对双端PE
算法都没好好读，因为看不懂==

首先，我们对数据进行过滤，是为了：

trimmomatic PE模式默认处理2个文件，也就是说，sh脚本中使用本办法只能一次列举R1 R2两个文件，不能 In_R1 In_R2 IP_R1 IP_R2这样四个文件都列出来，事实证明会报错，trimmomatic有点傻傻的不知道第三个开始的文件该干嘛。
所以要批量做，需要写循环，或者是认真阅读使用说明的参数。

最后附一个图：
出自：Chen et al. Source Code for Biology and Medicine 2014, 9:8. Software for pre-processing Illumina nextgeneration sequencing short read sequences.

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