我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择
注:还没有完全搞明白,先总结一下特点和使用,之后再慢慢体会、总结经验
本次只针对双端PE
算法都没好好读,因为看不懂==
首先,我们对数据进行过滤,是为了:
trimmomatic PE模式默认处理2个文件,也就是说,sh脚本中使用本办法只能一次列举R1 R2两个文件,不能 In_R1 In_R2 IP_R1 IP_R2这样四个文件都列出来,事实证明会报错,trimmomatic有点傻傻的不知道第三个开始的文件该干嘛。
所以要批量做,需要写循环,或者是认真阅读使用说明的参数。
最后附一个图:
出自:Chen et al. Source Code for Biology and Medicine 2014, 9:8. Software for pre-processing Illumina nextgeneration sequencing short read sequences.
扩展阅读:《我要上你》完整版 ... 日本资生堂色谱柱 ... www.sony.com.cn ... 我是我妻2乱世银娘 ... x染色体短臂p22.31重复 ... 我是我妻2结局 ... 我和我的朋友2 ... 我是我妻漫画第二季 ... chip类元器件有哪些 ...