第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表达调控机制的复杂性，多种组学数据的整合分析，从不同的层面探究生物问题越来越重要。从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从ChIP-Seq层面，我们可以研究某个特定转录因子的调控作用；从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化，由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关，在转录调控中发挥着重要的作用。因此，整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子（包括顺式调控元件和转录因子），以及哪个转录因子调控了感兴趣的基因，以及感兴趣的转录因子的靶基因等。
目前，好像并没有标准化的方法用来整合比较这三种数据。不过在文献中可以看到有很多相同的或不同的思路和方法做整合分析，大家可以在学习交流群中推荐文献，一起解读学习。
下面的内容主要介绍这一节课程中RNA-Seq和ChIP-Seq的整合分析中提到的两种方法：
一是直接比较 ，即首先得到差异基因与ChIP-Seq靶基因的overlap，然后选择一些关键基因比较一下谱图。
BETA包括三个命令取决于输入数据格式和想要的输出数据（可以参考嘉因的帖子 ChIP-seq和RNA-seq整合分析，BETA最擅长 | 自己分析数据的完美解决方案 ）
工作原理
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