五年制大专药学可以进三级甲等综合医院

可以。
五年制大专药学只要通过了三甲医院的面试就可以进，三甲医院有些岗位是不会太看重学历的，专科也是可以去的。
三级甲等医院是依照中国现行《医院分级管理办法》等的规定划分的医疗机构级别，是中国内地对医院实行三级六等的划分等级中的最高级别。