我想要的序列在全基因组的缺口里，那个缺口已经找到，把这个缺口的基因弄到手都有哪些方法？ 什么叫体节缺口基因？
\u4f53\u8282\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u786e\u5207\u5b9a\u4e49,\u529f\u80fd.\u53c2\u8003\u7684\u522b\u4eba\u7684\u7b54\u6848\uff0c\u5c31\u4e0d\u6574\u7406\u4e86\uff0c\u4e5f\u80fd\u770b\u660e\u767d\u5427
2\u3001\u679c\u8747\u80da\u80ce\u8eaf\u4f53\u524d\u540e\u8f74\u7ebf\u5982\u4f55\u5efa\u7acb\uff1f
\u7b54\uff1a\u5f62\u6001\u53d1\u751f\u7d20\u8c03\u8282\u9996\u5148\u8868\u8fbe\u7684\u5408\u5b50\u57fa\u56e0\uff08\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\uff09\u3002\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u8868\u8fbe\u533a\u5448\u5e26\u72b6\uff0c\u5e26\u5bbd\u7ea63\u4f53\u8282\uff0c\u4e0d\u540c\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u8868\u8fbe\u533a\u4e4b\u95f4\u6709\u90e8\u5206\u91cd\u53e0\uff0c\u5b83\u7ffb\u8bd1\u7684\u86cb\u767d\u8d28\u4ee5\u5176\u6d53\u5ea6\u6548\u5e94\u8c03\u63a7\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u7684\u8868\u8fbe\u3002\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u7684\u5e26\u72b6\u8868\u8fbe\u533a\u5c06\u80da\u80ce\u6cbf\u524d-\u540e\u8f74\u5212\u5206\u6210\u5468\u671f\u6027\u5355\u4f4d\u3002\u5b83\u7ffb\u8bd1\u7684\u86cb\u767d\u8d28\u6fc0\u6d3b\u4f53\u8282\u6781\u6027\u57fa\u56e0\u8f6c\u5f55\u3002\u4f53\u8282\u6781\u6027\u57fa\u56e0\u8868\u8fbe\u4ea7\u7269\u8fdb\u4e00\u6b65\u5c06\u80da\u80ce\u5212\u5206\u621014\u4f53\u8282\u3002\u540c\u65f6\uff0c\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u548c\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u7684\u7f16\u7801\u86cb\u767d\u8d28\uff0c\u4ee5\u53ca\u4f53\u8282\u6781\u6027\u57fa\u56e0\u4e0e\u540c\u6e90\u5f02\u5f62\u6846\u57fa\u56e0\u4e4b\u95f4\u7684\u76f8\u4e92\u4f5c\u7528\uff0c\u8c03\u8282\u540c\u6e90\u5f02\u5f62\u57fa\u56e0\u7684\u8868\u8fbe\uff0c\u800c\u540e\u8005\u7684\u8868\u8fbe\u4ea7\u7269\u5219\u51b3\u5b9a\u6bcf\u4e2a\u4f53\u8282\u7684\u53d1\u80b2\u547d\u8fd0\u3002
4\u3001\u4ec0\u4e48\u662f\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\uff1f\u6709\u4ec0\u4e48\u7279\u6027\uff1f\u8d77\u4ec0\u4e48\u4f5c\u7528\uff1f
\u7b54\uff1a\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\uff1a\u6cbf\u679c\u8747\u524d\u540e\u8f74\u6700\u65e9\u8868\u8fbe\u7684\u5408\u5b50\u57fa\u56e0,\u5b83\u4eec\u5747\u7f16\u7801\u8f6c\u5f55\u56e0\u5b50,\u53c2\u4e0e\u679c\u8747\u80da\u80ce\u524d\u540e\u8f74\u65e9\u671f\u6a21\u5f0f\u7684\u5f62\u6210
\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u7684\u7279\u6027\uff1a\uff081\uff09\u7f16\u7801\u8f6c\u5f55\u56e0\u5b50\uff082\uff09\u90fd\u5728\u591a\u6838\u80da\u671f\u5f00\u59cb\u8868\u8fbe\uff083\uff09\u5176\u4ea7\u7269\u7684\u534a\u8870\u671f\u4e00\u822c\u8f83\u77ed\u8fd1\u6570\u5206\u949f\uff0c\u56e0\u800c\u5b83\u4eec\u7684\u6269\u6563\u8ddd\u79bb\u8f83\u77ed\uff084\uff09\u5176\u8868\u8fbe\u5c40\u9650\u5728\u4e00\u5b9a\u7684\u533a\u57df\uff0c\u5176\u7a81\u53d8\u4f1a\u5bfc\u81f4\u80da\u80ce\u5728\u8be5\u533a\u57df\u53ca\u9644\u8fd1\u533a\u57df\u7684\u7f3a\u5931
5\u3001\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u7684\u4f5c\u7528\uff1f
\u7b54\uff1a\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u7684\u4f5c\u7528\uff1a\u628a\u7f3a\u53e3\u57fa\u56e0\u786e\u5b9a\u7684\u533a\u57df\u8fdb\u4e00\u6b65\u5206\u6210\u4f53\u8282
6\u3001\u4ec0\u4e48\u662f\u4f53\u8282\u6781\u6027\u57fa\u56e0\uff0c\u6709\u4ec0\u4e48\u4f5c\u7528\uff1f
\u7b54\uff1a\u4f53\u8282\u6781\u6027\u57fa\u56e0\uff1a\u5728\u6210\u5bf9\u63a7\u5236\u57fa\u56e0\u8868\u8fbe\u4e4b\u540e\u7acb\u5373\u8868\u8fbe\u7684\u57fa\u56e0\uff0c\u5b83\u4eec\u51b3\u5b9a\u4e86\u4f53\u8282\u7684\u8fb9\u754c\u548c\u4f53\u8282\u5185\u7ec6\u80de\u7684\u547d\u8fd0\uff0c\u8fd9\u4e9b\u57fa\u56e0\u7684\u4ea7\u7269\u5305\u62ec\u6269\u6563\u5206\u5b50\uff0c\u53d7\u4f53\uff0c\u8f6c\u5f55\u56e0\u5b50\u7b49\u8fd9\u79cd\u7c7b\u578b
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全基因组鸟枪法测序（全基因组鸟枪测序）并不需要建立各种复杂的物理图谱和遗传图谱，使用最具成本效益的基因组鸟枪法测序/猎枪鸟枪法测序（全基因组鸟枪法测序）并不需要建立各种复杂的物理图谱和遗传图谱，最具成本效益的实验设计，并指导建立的整个基因组标记的DNA片段大小不同的猎枪图书馆库中随机测序，最后利用生物信息学的方法，为了全基因组序列的测序片段拼接。
全基因组鸟枪测序步骤：第一，建立高度随机的基因组文库，插入片段大小为1.6kb的约4KB。的克隆数必须达到一定的数量，即，经过克隆的片段的序列分析的两端的碱基的总数应达到6?10倍的基因组的大小。二，高效，大量的克隆双向测序。三，序列组装。在序列组装与PHRED，Phrap Consed软件产生一定数目的重叠群。四，填补了国内空白。为了填补缺口，有两个未决首先的，有没有物理间隙对应的模板DNA，用PCR方法填补;模板DNA，但不测量序列的差距，我们直接测序引物上设计的模板DNA。
鸟枪法测序范围：BAC粘粒粘粒，线粒体DNA，叶绿体DNA。
全基因组鸟枪法测序的主要步骤：第一，建立高度随机4KB基因组文库插入片段大小为1.6kb的。的克隆数必须达到一定的数量，即，经过克隆的片段的序列分析的两端的碱基的总数应达到6?10倍的基因组的大小。二，高效，大量的克隆双向测序。三，序列组装。在序列组装与PHRED，Phrap Consed软件产生一定数目的重叠群。四，填补了国内空白。为了填补缺口，有两个未决首先的，有没有物理间隙，通过PCR的方法填充相应的模板DNA;第二，有一个模板的DNA序列的差距，但不进行测量，直接在设计引物，测序的模板DNA。
1）如果是细菌，看gap的情况，可以考虑在一定的组装结果基础上先利用gapcloser进行补洞，然后进行PCR方法补洞（ABI3730测序）；
2）如果是真核生物，就会比较困难，可以 先working看看。尤其一些高重复区， 补洞是很困难的。
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