怎么分析chipseq图
答：蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
答：横轴表示碱基位置，纵轴表示百分比。当fastqc分析时没有选择参数-a adapter list时，默认使用图例中的4种通用adapter序列进行统计。若有adapter残留，后续必须去接头。某k个bp的短序列在reads中大量出现。fastqc默认的k=5，可以通过-k -- kmers参数更改，范围是2-10。出现图一这种情况的原因要么是...
答：ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效...
答：最终的结果表明这6个数据的质量都很好，所以原文并没有进行额外的过滤操作。需要注意的是，在该文献中ein2-5_air_MPGB_1和ein2-5_ethylene_MPGB_1两个阴性对照呈现出reads重复率高的特征 -M 1 --best --strata 的作用是将多比对中得分最高的一条比对记录保留，原文在这里采用的是保留唯一比对...
答：数据分析的关键步骤包括：Peak Calling: 寻找DNA结合位点，这些富集区域对应转录因子的结合基因。Peak注释: 位点位于基因组哪个区域，如启动子、增强子，有助于理解调控基因。Motif分析: 分析转录因子结合的DNA序列特征，例如Ets家族的motif。功能/通路富集: 研究结合位点可能的功能和相关通路。ChIP-seq 主要...
答：一般在做ChIPseq时，会加入一组空白对照（control），提高峰质量，那么为什么？所以会准备空白对照，排除假阳性，对照组有有两种类型：这样一来，就会让我们检测到的峰更明显更接近真实的生物学特征。下面是在不同测序深度下检测人的 H3K4me3 组蛋白修饰ChIP图谱。绿色框对应于基于SPP宽峰检测方法得到的显著...
答：对于高级数据分析，我们有更深入的处理步骤。首先，我们将ChIP-Seq序列与参考序列进行比对，以确定序列的准确性和一致性。接着，进行Peak calling，即找出样品中显著的DNA区域（峰检测和计数），并计算平均峰长度和峰长的中位数。我们还关注样品Uniquely mapped reads在基因区域和基因间区的分布情况，以及对...
答：一般ChIP的流程中，若是单一处理的细胞系，那么callpeak之后可能会做binding motif的分析或是peak相关gene的功能分析等；但若是两种处理的细胞系（比如饥饿组和对照组），我们肯定想要知道两种处理下，组蛋白修饰的差异，类似于RNA-Seq中差异表达基因的分析，所以这时就需要进行差异分析。MAnorm就可以实现这样...
答：因此可通过CHIP-seq分析组蛋白修饰的分布寻找基因的启动子区和增强子区域及其是激活或抑制基因表达。H3K4me1可作为增强子的标志，H3K4me3作为启动子标志。研究表明，H3K4me1和H3K4me3与基因激活相关，H3K4me3主要富集在转录起始位点附近的启动子区域，而大多数H3K4me1修饰富集在增强子区域；H3K27ac与基因激活相关...
答：ChIP-seq有助于揭示这些调控机制。1.3 流程：包括交联、片段化、免疫沉淀、DNA回收和测序分析等步骤。2. ATAC-seqATAC-seq用于评估全基因组染色质可及性，通过Tn5转座酶识别开放染色质区域，反映基因活动状态。2.1 定义：通过转座酶探查可访问的DNA区域，检测染色质的活跃程度。2.2 意义：染色质可及...
网友评论：
颛砌15554768568：
质粒DNA琼脂糖凝胶电泳图该怎么分析 -
39922邴胞
： 一、实验名称:质粒DNA的提取与纯化,DNA琼脂糖凝胶电泳 二、实验原理: 1.质粒DNA的提取: 质粒是一类存在于几乎所有细菌等微生物中染色体之外(细胞质中)呈游离状态的双链、闭环的DNA分子,能够自主复制和稳定遗传,以超螺旋...
颛砌15554768568：
怎么分析一个国家的GDP -
39922邴胞
： 分析一个国家的gdp,一是纵向比较,就是与往年同期比较看增长;二是横向比较,与其它各国比较规模和增长率;三是剖析GDP的结构,各产业所占比重,哪些增长,哪些下降,从而发现影响gdp增减的因素各有哪些,经济发展趋势何在;四是进行外部关联性因素分析.如通货膨胀率对gdp的影响等.
颛砌15554768568：
转录组测序质量评估中碱基含量和质量分布图怎么分析 -
39922邴胞
： 采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨转录组(Asplenium nidus)进行测 序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息.对reads 进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(...
颛砌15554768568：
示波器测出来的电压波形图如何导入进电脑用MATLAB分析 -
39922邴胞
： 取决于你示波器保存的文件格式.比如格式是文本,内容是一列测量时间,一列幅度,你直接用U盘从示波器上考到电脑里,然后用matlab的load命令打开就行了.load的用法可以自己看matlab的help
颛砌15554768568：
如何理解PLC的互锁电路图 -
39922邴胞
： 比如有两个中间继电器或接触器,触点互锁(即将A的常闭触点窜入B的线圈前面,将B的常闭触点窜入A的线圈前面),这样可以防止A,B同时接通,也就是说如果A先得电,则B永远得不了电(反过来也一样),PLC是用程序来保证这一点的
颛砌15554768568：
如何分析流式细胞仪显示的数据 -
39922邴胞
： (一)单参数直方图 单参数直方图是一维数据用得最多的图形显示形式,既可用于定性分析,又可用于定量分析,形同一般X-Y平面描图仪给出的曲线.根据选择放大器类型不同,横坐标可以是线性标度或对数标度.用＂信道＂来表示,实质...
颛砌15554768568：
如何分析现金流量表 -
39922邴胞
： 现金流量表分析是指对现金流量表上的有关数据进行比较、分析和研究,从而了解企业的财务状况,发现企业在财务方面存在的问题,预测企业未来的财务状况,为报表使用者科学决策提供依据.
颛砌15554768568：
物理的受力分析怎么分析 -
39922邴胞
： 为了在受力分析时不多分析力,也不会漏掉力,一般情况下按下面的步骤进行: 1、确定研究对象 分析的是研究对象的受力情况.所以分析出的各力的受力物体必须是研究对象受到的力.而施力物体必须找的到. 画图时,可以用一个点表示物体. 物体受到的各力一般画一般画到期同一点. 2、重力 3、弹力 4、摩擦力 (以上三种力要根据力产生的原因、条件、特点进行分析) 5、给定力和其它力 6、验证: A、 各力的受力物是研究对象,施力物找的到. B、 和物体的运动状态对应.
颛砌15554768568：
如何分析总资产周转率? -
39922邴胞
： 总资产周转率=销售收入总额/资产平均总额*100% 式中,销售收入是指销售总收入减去销售退回、折扣、扣让后的净额,平均资产总额可采用年初年末的平均数.总资产周转率也可用周转天数来表示,其计算公式为: 周转天数=计算期天数÷...
颛砌15554768568：
如何分析供应链? -
39922邴胞
： 环环相扣、紧密相连、一环出错,全部都要出状况,因此每一环都要考虑好,维持很好的合作关系,大家互惠互利
