chip+seq实验原理及步骤
答：ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
答：原理：利用抗原抗体特异性反应，加入特异性抗体与染色体上目标蛋白结合，加入二抗与该抗体结合以募集更多的pA-Tn5转座酶复合物至目标蛋白与DNA序列的结合位点上，转座酶复合物切割该染色质开放位点，并在切割后的DNA片段两端加入接头，文库构建完成，可直接进行后续测序，与已有基因组序列比对，即可知道目标蛋白...
答：是ChIP成功与否的关键因素，也是产生较大batch effect的来源。抗体的交叉反应活性应当被严格地检查，包括应用RNAi实验敲低进行特异组蛋白修饰的酶做验证、质谱检测沉淀下来的蛋白片段等。典型的chip-seq实验要求10的7次方数量级的细胞，并产生10-100ng的DNA。有些chip-seq通过对protocol进行优化，降低到可以...
答： 蛋白质和DNA相互作用的染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq）技术是研究表观遗传调控的一种重要手段，常规ChIP-seq技术需要使用超声打断交联的基因组片段，然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段，并将目的DNA片段纯化后，进行建库测序。这一系列操作使得ChIP-seq需要百万个细胞作为起始材...
答：Chip和Chip-seq是常用于研究基因组中染色质和蛋白质相互作用的实验技术。Chip实验用于检测染色质中特定蛋白质与DNA之间的相互作用。该技术通过使用特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，并利用免疫沉淀、洗涤和DNA提取等步骤来分离和富集特定DNA序列。通过这种方式，可以获取与目标蛋白质结合的DNA序列。Chip...
答：1、 CHIP-qPCR 研究 VCaP细胞在有或无E2处理时 ERα 聚集到 NEAT1 启动子区。IgG或ERα抗体沉淀下复合物后，针对猜测的DNA序列设计引物检测是否有特定的DNA序列与Erα结合。适用于想要研究某个特定蛋白是否结合自己猜测的基因。需要针对基因不同区段设计引物。2、 CHIP-seq 研究 SW480细胞内转录因子...
答： 1、ChIP-Seq/RIP-Seq :找到RNA或DNA结合蛋白的结合位置 实验细节:(1)首先,进行了ChIP/RIP实验:蛋白质与DNA/RNA结合,并与之交 联。然后DNA/RNA被分裂。 (2)蛋白质 pull down 经历免疫沉淀过程,交联...
答：一是直接比较 ，即首先得到差异基因与ChIP-Seq靶基因的overlap，然后选择一些关键基因比较一下谱图。BETA包括三个命令取决于输入数据格式和想要的输出数据（可以参考嘉因的帖子 ChIP-seq和RNA-seq整合分析，BETA最擅长 | 自己分析数据的完美解决方案 ）工作原理 ...
答：HOMER预测Motif 需要的两个序列集 HOMER 分析基本步骤： 1. 预处理 1.1 提取序列 (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) 提供的数据是基因组位置信息，就需要提取对应的DNA信息；提供基因号时，需要选择启动子区域。1.2 背景选择 (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) 未指定背景序列时，...
答：当我们在ChIP-seq分析中发现peaks时，它就像是一个地图上的显著标记，指示着特定蛋白质（如转录因子或调控因子）与DNA序列的热点互动区域。Peaks实质上代表着在ChIP实验中，通过特定抗体筛选出的DNA片段，这些片段在染色质上呈现出高度富集。它们通常是由于蛋白质结合导致的局部DNA构象改变，使得这些区域在...
网友评论：
缑和19467653029：
CHIP - seq的基本介绍 -
25643杭滢
： 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究.将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段.ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序.研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息.
缑和19467653029：
基因表达调控研究中主要实验技术有哪些 -
25643杭滢
： 基因表达调控主要实验技术有:ChIP、RIP、RNA pull-down、EMSA、Luciferase 1、 ChIP实验 通过与染色质片段共沉淀和PCR技术,在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段.将处于适当生长时期的活细胞用甲醛交联后将细胞裂解, 染色...
缑和19467653029：
染色质免疫沉淀(ChIP)原理是什么? -
25643杭滢
： 基本原理:在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理将染色质切为小片段后,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来. 染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,染色质断裂,染色质免疫沉淀,交联反应的逆转,DNA的纯化,以及DNA的鉴定. 摘自柴晶晶博士的文章-染色质免疫沉淀(ChIP)技术的难点及应用
缑和19467653029：
如何通过chip确定与基因结合的蛋白质 -
25643杭滢
： 染色质免疫沉淀,所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照.当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起.如果你是只知道你的蛋白.染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,可是双链或...
缑和19467653029：
怎么把染色体转化成基因名字 chip seq -
25643杭滢
： 46:46条染色体;XY:指男性;del(15q11.1q13.1):指15号染色体q11.1到15号染色体q13.1位置片段缺失;seq[GRCh37/hg19](20,415,466-28,406,915)*1:指以GRCh37/hg19的人类参考序列为蓝本,15号染色体20,415,466-28,406,915位置为1拷贝(也就是缺失的意思),是del(15q11.1q13.1)的另一种表示方法.
缑和19467653029：
请问ChIP - PET的作用与原理是什么,有哪位高手能指点一下,谢谢 -
25643杭滢
： pet是一种sequence方法,其原理相当于chip-seq 以全基因组分析表明蛋白质在哺乳动物细胞中的DNA相互作用的全貌.更详细的也可以分享给你
缑和19467653029：
免疫沉淀反应各技术类型原理有什么异同和方法评?免疫沉淀反应各技术
25643杭滢
： 免疫沉淀反应(Immunoprecipitation)主要用于抗原或者抗体的定性检测.其原理是指可溶性抗原与相应抗体在有电解质存在的情况下,按适当比例所形成的可见沉淀物现象.据此现象设计的沉淀实验主要包括絮状沉淀试验,环状沉淀试验和凝胶内的沉淀试验.凝胶内的沉淀试验依所用的实验方法又可分为免疫扩散实验和免疫电泳技术2类. 而westernblot虽然也是利用抗原-抗体反应的原理,但他是需要跑电泳的,抗原在电泳凝胶上分开成条带,之后把凝胶放当含有抗体的反应液(连续几步)中“显色”.
缑和19467653029：
CHIP - seq的应用领域 -
25643杭滢
： 由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;(4)CTCF转录因子研究.
缑和19467653029：
chip - seq找转录因子结合位点用什么抗体 -
25643杭滢
： 在clade选择Mammal,genome选择Human,assmebly选择最新的数据库,gene中输入ANKH,在track中选择RefSeq Genes,在output format中选择sequence,点击get output,根据需要选择序列,选择genomic-submit.
缑和19467653029：
ChIP - seq能研究哪些蛋白,只有转录因子吗? -
25643杭滢
： 研究直接结合DNA的蛋白或者调控这类蛋白的因子都可以.要弄清楚CHIP本质就是用抗体把它所识别的蛋白质(包括在CHIP过程中仍然能和这个蛋白结合的DNA和蛋白质等)给免疫沉淀下来,再分析这个免疫沉淀物里的DNA序列.所以只要能保证CHIP过程中你关注的蛋白和其他转录因子的结合不会被破坏,就可以来实现你的目的.
