一文读懂基因富集分析：从小白到SCI
探索基因世界的核心秘密，从懵懂小白到科研高手的必经之路——基因富集分析。这是一场深入解读生命奥秘的旅程，通过GSEA（基因集富集分析）揭示基因在生物学过程中的非凡角色。让我们一起揭开其神秘面纱。富集分析，就像科学家的放大镜，聚焦于一组基因如何共同参与生物过程。其核心原理是扩展至基因集合分析，通过对基因出现频率的统计，解读其生物学意义。它的威力在于，能够帮助我们筛选出那些隐藏在海量数据中的关键信息，如功能节点，为研究提供重要线索。GO (基因本体) 和 KEGG (基因组注释) 是两大常用工具，它们揭示基因的功能定位和通路连接。而像DAVID、clusterProfiler和Metascape这样的软件，更是分析的得力助手，它们通过累积超几何分布等统计方法，严谨地校正多重检验，确保结果的可靠性。
基因富集分析的类型多种多样，例如GO term功能富集，关注细胞组分、功能和过程的基因注释；KEGG pathway通路富集，整合基因组与系统功能，揭示基因在生物网络中的位置；还有MSigDB的基因集合，包括C5的GO分析、C6的癌症相关集合，以及C7的免疫相关集合，这些在癌症研究中尤为重要。通过差异法和相关法，单基因富集在《生物新信息学》等学术资源的指导下，被广泛应用，如2021年的JCI Insight（影响因子8.311）利用单细胞RNA-seq揭示了胶质母细胞瘤的亚型差异，2020年的Medicine (Baltimore)（IF=1.880）则通过差异分析和功能富集深入研究肝癌与胆管癌的异同，2021年的另一篇文章通过综合方法探讨了急性心肌梗死的发病机制。
要想在科研论文中大放异彩，熟练掌握基因富集分析是必不可少的。从基础入门到深入研究，每一步都充满挑战，也充满收获。通过学习和实践，你将逐步解锁基因的秘密，让科研之路更加畅通无阻。现在，就让我们踏上这段通往科学顶峰的富集之旅吧！
绛旓細鎺㈢储鍩哄洜涓栫晫鐨勬牳蹇冪瀵嗭紝浠庢嚨鎳灏忕櫧鍒绉戠爺楂樻墜鐨勫繀缁忎箣璺斺鍩哄洜瀵岄泦鍒嗘瀽銆傝繖鏄竴鍦烘繁鍏ヨВ璇荤敓鍛藉ゥ绉樼殑鏃呯▼锛岄氳繃GSEA锛堝熀鍥犻泦瀵岄泦鍒嗘瀽锛夋彮绀哄熀鍥犲湪鐢熺墿瀛﹁繃绋嬩腑鐨勯潪鍑¤鑹层傝鎴戜滑涓璧锋彮寮鍏剁绉橀潰绾便傚瘜闆嗗垎鏋愶紝灏卞儚绉戝瀹剁殑鏀惧ぇ闀滐紝鑱氱劍浜庝竴缁勫熀鍥犲浣曞叡鍚屽弬涓庣敓鐗╄繃绋嬨傚叾鏍稿績鍘熺悊鏄墿灞曡嚦鍩哄洜闆嗗悎鍒嗘瀽锛...
绛旓細de novo娴嬪簭涔熺О涓轰粠澶存祴搴:鍏朵笉闇瑕佷换浣曠幇鏈夌殑搴忓垪璧勬枡灏卞彲浠ュ鏌愪釜鐗╃杩涜娴嬪簭,鍒╃敤鐢熺墿淇℃伅瀛鍒嗘瀽鎵嬫瀵瑰簭鍒楄繘琛屾嫾鎺,缁勮,浠庤岃幏寰楄鐗╃鐨鍩哄洜缁勫浘璋便 澶栨樉瀛愮粍娴嬪簭鏄寚鍒╃敤搴忓垪鎹曡幏鎶鏈皢鍏ㄥ熀鍥犵粍澶栨樉瀛愬尯鍩烡NA鎹曟崏骞瀵岄泦鍚庤繘琛岄珮閫氶噺娴嬪簭鐨勫熀鍥犵粍鍒嗘瀽鏂规硶銆傚鏄惧瓙娴嬪簭鐩稿浜庡熀鍥犵粍閲嶆祴搴忔垚鏈緝浣,瀵圭爺绌跺凡鐭...
绛旓細涓鏃﹁幏鍙栧埌raw count锛鍒嗘瀽娴佺▼灏嗗彉寰楅『鐣呫備綘鍙互浣跨敤limma杩涜宸紓琛ㄨ揪鍒嗘瀽锛孏limma鍒欐彁渚涗簡鏇撮珮绾х殑缁熻妯″瀷锛岃宔dgeR鍒欎互绋冲仴鎬у拰鏁堢巼闂诲悕銆傞氳繃杩欎簺宸ュ叿锛屽嵆浣挎槸鐢熶俊鏂版墜涔熻兘杞绘澗鎺屾彙RNA-seq鏁版嵁鍒嗘瀽鐨勮棰嗭紝涓轰綘鐨勭爺绌跺娣诲己澶ф敮鎸併傛墍浠ワ紝灏藉揩鑾峰彇鍘熷鏁版嵁锛屽苟缁撳悎杩欎簺宸ュ叿锛屼綘灏嗚兘澶熸湁鏁堝湴杩涜鍩哄洜宸紓琛...
绛旓細濡傛灉閫夊ソ浜嗗熀閲戝彲浠ュ幓瀵规瘮浠ュ強鏌ヨ涓嬭繖鍙熀閲戠殑濂藉潖銆傝繖鏃跺,鏈濂界殑宸ュ叿灏辨槸鈥滃ぉ澶╁熀閲戠綉鈥,鍙互浠庤繖涓笂闈㈡牴鎹滃熀閲戠被鍨嬧濄佲滃熀閲戝叕鍙糕濃滃熀閲戜笟缁┾濈瓑鏂归潰鏉ョ瓫閫夊熀閲戙傚悓鏃跺彲浠ュ皢涓ゅ彧寰呴夌殑鍩洪噾杩涜姣旇緝,閫夊嚭鏇村ソ鐨勪竴鍙;杩樺彲浠ュ埄鐢ㄦ敹鐩婅绠楁潵澶ц嚧璁＄畻鑷繁鐨勬敹鐩娿 鍩洪噾瀹氭姇鐨勬笭閬撲富瑕佹湁涓ょ: 鍏朵竴,鍦哄唴娓犻亾:閫氳繃...
绛旓細宸紓琛ㄨ揪鍒嗘瀽 : 浣跨敤鈥漧imma-trend鈥 宸紓琛ㄨ揪鍒嗘瀽 : 浣跨敤鈥漧imma-voom鈥 濡傛灉鍒嗘瀽鍩哄洜鑺墖鏁版嵁,蹇呴』濂藉ソ璇绘噦LIMMA鍖呫 鍩烘湰涓婃瘡涓涓寘,鎴戦兘鎻愬彇浜嗗悇绉嶇殑鏄捐憲鎬у熀鍥,姣旇緝灏遍渶瑕佺敤闊︽仼鍥句簡,浣嗘槸鎴戝亸涓 :stuck_out_tongue: 鎴戣鐢║pSetR. 鎰熻limma鐨勭粨鏋滄湁鐐瑰鎬,鏈夌敓涔嬪勾鍦ㄦ姌鑵惧惂銆 濂藉惂,杩欓儴鍒嗘垜楦戒簡 [1...
绛旓細绉戠爺灏忕櫧鐨勮繘闃朵箣璺細缁嗚優瀹為獙鍩虹鎿嶄綔鎸囧崡 缁嗚優瀹為獙鏄鐮旀帰绱㈢殑鍏抽敭鐜妭锛屾瘡涓姝ラ兘闇绮惧績鐓ф枡锛屽鍚屽煿鑲茬█涓栫弽瀹濄傞鍏堬紝鎴戜滑浠庡熀纭鐨勭粏鑳炲煿鍏诲紑濮嬶細缁嗚優鍩瑰吇鏄鐮斾腑鐨勫熀鐭筹紝瀹冭姹傜粏鑷村叆寰殑鍛垫姢銆傛瘡涓粏鑳為兘鏈夊叾鐙壒鐨勭敓闀夸範鎬э紝濡傚悓闇瑕佷釜鎬у寲鐨勫懙鎶わ紝鑰岄潪鍒绘澘鐨勬搷浣溿傝壇濂界殑缁嗚優鍩瑰吇璐ㄩ噺锛屽MEM銆丏MEM绛...
绛旓細CDS鏄疌oding sequence,铔嬬櫧缂栫爜搴忓垪.ORF鏄痮pen reading frame,寮鏀鹃槄璇绘.鈶村紑鏀鹃槄璇绘鏄笉琚粓姝㈠瓙鎵撴柇鐨勪竴娈垫牳閰稿簭鍒,鍙兘鍖呭惈缂栫爜铔嬬櫧鐨勭⒈鍩哄簭鍒楋紱涓嶆槸鎵鏈夊紑鏀鹃槄璇绘閮借兘琚〃杈惧嚭铔嬬櫧浜х墿,鎴栬呰兘琛ㄨ揪鍑哄崰鏈変紭鍔...杩涜CDS鍒嗘瀽锛岄鍏堣鏈変竴娈垫皑鍩洪吀搴忓垪锛鍩哄洜搴忓垪瑕佽浆鎹㈡垚姘ㄥ熀閰稿簭鍒楋級锛屽湪NCBI棣栭〉涓婄浜...
绛旓細鐧借壊鏄樉鎬鍩哄洜锛岄粦鑹蹭负闃存у熀鍥
绛旓細浠庤柂璧勫緟閬囦笂鏉ョ湅锛岀湅鐪嬪悇澶ф嫑鑱樼綉绔欎笂鐨勮柂璧勭鍒╁氨鐭ラ亾锛屽濂藉墠绔槸瀹屽叏鍙互浣滀负璋嬬敓鏂规硶鐨勩傜幇鍦ㄥ浗鍐呮湁涓や釜鏂瑰悜锛屼竴涓槸寮鍙戞柟鍚戯紝寮鍙戞柟鍚戝缂栫▼鑳藉姏鐨勮姹傞潪甯搁珮锛岀簿閫氱畻娉曢偅閮芥槸鍩烘湰瑕佹眰銆傚彟涓涓柟鍚戝氨鏄晢涓氭柟鍚戯紝鏇村亸鍚戜簬鎴樼暐鍒嗘瀽甯堬紝浣嗕竴瀹氭槸鍦ㄦ暟鎹弬鑰冪殑鍩虹涓婂仛鍑虹殑鍒嗘瀽缁撴灉锛岀粰鍑虹殑浼佷笟寤鸿锛...
