据说牛顿死后，发现了一个有关他的黑匣子，里面都是一些见不得光的东西，里面到底有些什么呀？ 什么是烦恼
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从18世纪起，牛顿开始被认为是现代科学家时代首屈一指的最伟大的人，一位理性主义者，一个教会我们在冷静的和纯粹的理性路线上思考的人，牛顿的名字一直是科学的代名词。
但是，牛顿的真实面貌其实并不完全像我们在脑海中习惯想象的那幅图画一样。当然，这并不是指他不伟大。正如著名的经济学家凯恩斯所说：“请不要在此猜想我今日的目的是通过描写来贬损剑桥最伟大的儿子。我正努力宁愿像他自己的朋友和同代人看他那样去看他。他们毫无例外地视他为最伟大的人物之一。”
一切都源于一个神秘的箱子——牛顿的“黑匣子”，这个大箱子里，保存着曾占据和完全吸引着他那颗热情和智慧的心灵的东西到底是什么的证据。
他没有在离开剑桥的时候销毁它们，而是把它们保存在那个箱子里。深深震惊着任何一双18或19世纪，甚至是我们现代人的探索的眼睛，那里面保存着数以百万字的他未发表过的著作。这些是牛顿在整个一生中艰难地隐藏着的秘密。
秘密随他逝去，在他死后，有人试图了解这个尘封的秘密。毕肖普·霍斯利奉命检查过这个盒子，并希望出版盒子里的那浩如烟海的作品，可是他看了盒子中的内容后，惊慌失措地猛然把盒子盖盖上了。100年后，戴维·布鲁斯特再次查看了那个盒子，但他选择了小心地摘录和用几个严肃的小谎言完全掩盖了所有的蛛丝马迹。
因为盒子中那100万字以上的鸿篇巨制，对我们的现实和科学来说几乎是没有任何意义的。除了作为我们对于探究人类最伟大的天才头脑的吸引人的侧面而言。
牛顿当时潜心研究的是长生不老药、基本金属向黄金转化的可变性。正像剧作家乔治·伯纳德·肖在戏剧《在好国王查理的黄金岁月》中，放入牛顿口中的话一样，剧作家借角色表达了牛顿的心声：“有如此多更重要的事情需要去做：物质的转换，长生不老药，光与颜色的魔术，压倒一切的是圣经的隐义。当我集中思想专注于这些时，我发现自己漫游开去，进入到沉思无穷系列数目的闲散游戏中，并将弧分成不可分的短三角形边。多么愚蠢！多么大的时间浪费，无价的时间！”
秘密著作的另一大部分是他推想和求索的宇宙的秘密真相——所罗门神殿的力量，启示录、丹尼尔之书和关于教会历史的数百页论述。
文献还表明了牛顿对炼金术的痴迷，在1650年左右的那个年代，以出版商库珀为中心的人在此后的20年里复兴了对15世纪英格兰炼金术的兴趣。
在剑桥图书馆中也有着相当数目的这样的手稿，而且在那20年里，牛顿沉溺其中。这恰好是他构思《原理》的几年。他全身心地投入，试图解读传统留下来的疑团，并留下了至少10万字的实验记录和手稿。
在这些奇特的研究中——牛顿一只脚在中世纪，一只脚为现代科学踩出一条路——度过了他人生的第一阶段，在三一学院的生活时期。
看他那时的研究，所有人都会认为牛顿不是理性时代的第一人，而是魔法家中的最后一个。他的天性的玄奥、隐秘的，又有着深深的神经过敏，他的后继者惠斯顿把他评价成：“我所曾知道的最惧怕、小心和多疑的性格之一。”所以他整个地疏远女性，终身未娶。
在很早期的生活中，牛顿就在三一学院里抛弃了正统的信仰，他完全反对古代权威的解释，而认为“三位一体”的教义应该是后来伪造的。为此还写过广泛的反三位一体的小册子。他对这种异端的持有，更加剧了他的沉默和性情的内倾。
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