ChIP-seq和CUT&Tag技术
A. DNA两端加adaptor
B. PCR扩增
C. 检查library concentration
D. 测序
第一行:参考基因组
第二行:样本reads覆盖情况
第三行:control reads覆盖情况
参考:
https://www.bilibili.com/video/av54898325?from=search&seid=16669728483429689132
https://www.jianshu.com/p/a17f2870addd
由于ChIP-Seq实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制,常规ChIP-Seq实验需要 大量细胞 ,且实验 重复性差、信噪比低 。往往辛苦培养了很久的细胞,挥霍一空后得到大量难以分析的数据,再次实验又得到一堆不同的无意义数据,甚至一个技术熟练的博士消耗大半年的时间毫无进展。这些技术上的困难限制了ChIP-Seq在DPI研究中的进一步应用,阻碍了表观基因组等领域的发展。
前不久,弗雷德哈钦森癌症研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公开了CUT&Tag技术的详细结果与实验方案。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技术方法 简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞 ,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。
CUT&Tag技术的基本原理为 :在抗体引导下, ChiTag酶 仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头,并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内,因此整个实验的 信噪比大幅提高,同时简化了实验步骤 。该方法可 一管式高通量应用,并可与单细胞测序平台“无缝”结合。ChiTag酶在打断基因组的同时加上接头,不需要繁琐的补平加A加接头,在一天内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。
CUT&Tag和ChIP-seq比较 :
和单细胞测序结合 :
由于PCR之前的反应都在细胞内进行,Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔,再加入带随机标签的引物进行扩增的办法,实现单细胞测序。
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09982-5
https://www.sohu.com/a/331749726_120054289
附:CUT&Tag 实验操作流程
ConA磁珠沉淀细胞可用低速离心代替。低速离心指600 × g离心3min,快速离心指<100 × g离心3s。
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