ChIP-seq和CUT&Tag技术
A. DNA两端加adaptor
B. PCR扩增
C. 检查library concentration
D. 测序
第一行：参考基因组
第二行：样本reads覆盖情况
第三行：control reads覆盖情况
参考：
https://www.bilibili.com/video/av54898325?from=search&seid=16669728483429689132
https://www.jianshu.com/p/a17f2870addd
由于ChIP-Seq实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制，常规ChIP-Seq实验需要 大量细胞 ，且实验 重复性差、信噪比低 。往往辛苦培养了很久的细胞，挥霍一空后得到大量难以分析的数据，再次实验又得到一堆不同的无意义数据，甚至一个技术熟练的博士消耗大半年的时间毫无进展。这些技术上的困难限制了ChIP-Seq在DPI研究中的进一步应用，阻碍了表观基因组等领域的发展。
前不久，弗雷德哈钦森癌症研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公开了CUT&Tag技术的详细结果与实验方案。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比，CUT&Tag技术方法 简便易行，信噪比高，重复性好，需要的细胞数量少至60个细胞 ，且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。
CUT&Tag技术的基本原理为 ：在抗体引导下， ChiTag酶 仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化，同时添加测序接头，并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内，因此整个实验的 信噪比大幅提高，同时简化了实验步骤 。该方法可 一管式高通量应用，并可与单细胞测序平台“无缝”结合。ChiTag酶在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加A加接头，在一天内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。
CUT&Tag和ChIP-seq比较 ：
和单细胞测序结合 ：
由于PCR之前的反应都在细胞内进行，Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔，再加入带随机标签的引物进行扩增的办法，实现单细胞测序。
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09982-5
https://www.sohu.com/a/331749726_120054289
附：CUT&Tag 实验操作流程
ConA磁珠沉淀细胞可用低速离心代替。低速离心指600 × g离心3min，快速离心指<100 × g离心3s。
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