怎么用MOE查找蛋白的口袋
上传一个指明口袋中心的分子文件（使用pdb、mol2、sdf等常用格式）到平台，平台会计算它们的几何中心，从而确定对接口袋的中心位置。比如，用文本编辑器NotePad++打开POCASA输出文件1uwh_TopN_pockets.pdb，删除Pocket C~F的信息，保留Pocket A和B的信息，保存pdb文件，上传到平台。MOE会非常贴心地为各个Pocket分配了不同的链名A~F；根据上面提到的Rank order信息，Pocket A的残基名为222、Pocket B为146。据此，可以迅速找到两个Pocket的所有信息。
该方式不限于POCASA的输出文件，也可以使用其他预测软件的输出文件，还可以上传自己创建的文件，比如通过PyMOL等软件在口袋中选择若干氨基酸残基，保存为pdb文件。如果格式不正确，平台会抛出异常错误。对于不太了解分子文件格式的用户，建议使用下拉列表的方式来定义对接口袋。
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