小豆挤心乱如麻,刘友勋这个大jian人为什么这么jian呢?
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一、绪论及核酸序列分析1.生物信息学：
（1）狭义：将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获取、加工、储存、分类、检索与分析以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的交叉学科。
（2）广义：生物分子信息的存储、获取、分析和利用。
2.人类基因组计划是生物信息学的来源
3.生物信息学的主要内容：
（1）生物分子数据的收集和管理
（2）数据库：检索与序列比较
（3）基因组序列分析
（4）基因表达数据的分析处理
（5）蛋白质结构预测
（6）生物信息分析软件
4.主要研究内容：
（1）获取人和各种生物的完整基因组
（2）新基因的发现
（3）基因单核苷酸多态性（SNP）分析
（4）基因组中非编码蛋白质区域的结构与功能研究
（5）在基因组水平研究生物进化
（6）全基因组的比较研究
（7）蛋白质组学的研究
（8）基因功能预测
（9）新药设计
（10）遗传疾病的研究以及关键基因鉴定
（11）生物芯片
5.生物信息数据库分类：
（1）一级数据库（数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释）：核酸序列数据库（GenBank数据库、EMBL核酸库、DDBJ库）、蛋白质序列数据库（SWISS-PROT、PIR）、蛋白质结构数据库（PDB）
（2）二级数据库（在一级数据库、试验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理）：人类基因组图谱库、转录因子和结合位点库、蛋白质结构家族分类库
6.数据库格式： （1）FASTA 格式；大于号是新文件的开始 （2）GBFF格式：按域可以划分为三个部分——描述符（头部包含整个纪录的信息）、注释这一记录的特性、核苷酸序列本身
7.核酸相似性搜索工具：（1）ALIGN：给定序列进行比对分析两两比较 （2）ClustalW_mp：多序列比较进行多重比较 （3）FASTAL和 BLAST：给定序列与数据库进行比对分析
8.同源性有效的意义判断：（1）相似性和同源性 （2）两个核酸序列必须达到75%或更高的同源性 （3）两个蛋白质序列必须达到25%或更高的同源性
9.开放阅读框的识别：由于蛋白质有三联体密码子编码，所以一个双链DNA序列就有6个潜在的阅读框架，其中一条链的3个读框成为“正向”读框，互补链上的3个为“反向”读框（终止密码子：TAA TAG TGA 起始密码子：ATG）
二、蛋白质序列分析
1.蛋白质的结构主要分为四级：一级、二级、三级、四级。依据该层次蛋白质数据库分为：蛋白质序列数据库（PIR、NCBI）、蛋白质模体及结构域数据库、蛋白质结构数据库、蛋白质分类数据库
2.模体包括：酶的催化位点、酶的结合位点、金属离子结合点、二硫键、小分子或者蛋白质结合区域
三、文献检索
1.文献：在存储、检索、利用或传递记录信息的过程中，作为一个单元处理，在载体上或依附载体而存储有信息或数据的载体。
2.文献分类：
（1）按文献的媒体形式划分：书本型 、非书资料
（2）按文献信息内容，加工的深浅不同分为：零次文献、一次文献、二次文献 、三次文献
3.文献检索的基本步骤：明确信息需求、主题、关键词；了解检索系统，选择检索工具；确定检索途径，选定检索方法；实验检索策略，浏览初步结果；调整检索策略，获取所需信息
四、引物设计原则：
1.引物应在核酸序列保守区内设计并具特异性（引物与待扩增序列的同源性不超过70%或不能有连续8个互补碱基同源）
2.引物不能形成二级结构（避开二级结构区域且待扩增区域自由能△G°小于58.61kJ/mol时，扩增不成功）
3.引物长度一般在15-30碱基之间
4.G+C含量在40%—60%之间
5.碱基要随机分布（3`端要不应有超过3个的连续G或C）
6.引物自身不能有连续4个碱基的互补，避免形成引物二聚体
7.引物之间不能有连续4个碱基的互补
8.引物5`端可修饰（加入酶切位点、引入保护碱基、引入蛋白质结合DNA序列、标记荧光素、引入突变位点等）
9.引物3`端不可修饰
10.引物3`端要避开密码子的第三位（第三位易发生简并，影响扩增特异性）
是电影吗？一个演员演的坏角色能让你这样讨厌那他的演技也算不错
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