南通学院的因院系调整第二次分开
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1952年，全国高校院系调整，南通学院遭拆分、外迁 。 （其中，1949年9月，南通学院农科、纺科从上海迁回南通与医科一起复校时，农科农业经济学系被调入浙江大学）
南通学院农科（1952年）
1952年8月，根据《华东区高等学校院系调整方案》，南通学院的农科独立、改名苏北农学院，并整体迁往扬州，之后苏北农学院成为了扬州大学农学院，扬州大学的办学历史也因此追溯到了1902年创办的通海农学堂。
南通学院纺织科（1952年）
1952年7月，南通学院的纺织科被调整到上海的华东纺织工学院（即今之东华大学）。
从1912年至1952年，南通纺织专门学校（南通学院纺织科）历时四十载，为我国纺织工业培养的纺织工程毕业生计38届、染化工程系毕业生计15届、高级纺织职业班计3届，总计培养毕业生1 793名。他们分布于全国各主要纺织厂、印染厂、纺织院校、纺织科研单位和各级纺织管理机构，成为我国纺织工业的骨干力量，为我国纺织教育的早期现代化和纺织工业的现代化作出了奠基性贡献。
建国后至1987年止，通大纺织科的师生在纺织工业部担任重要职务的有35人，毕业生中还有众多出国留学深造，许多人学成归来报效袓国、成绩斐然。供职海外的校友也在当地纺织界享有较高的社会声誉。《中国大百科全书》纺织卷编委会32名编委中南通学院纺织科校友就有13名，除1名副主编外，其余5名正副主编皆为南通纺织专科学校（私立南通大学纺科、私立南通学院纺织科、南通学院纺织科）的师生。
南通学院医科（1952年）
1952年，南通学院的医科在南通学院原址改名为苏北医学院。
1956年，因苏北区党委建制合并，又改名为南通医学院。
1957年，江苏省人民委员会下发通知，指令南通医学院整体迁往苏州，并更名为苏州医学院。
消息传来，人们在思想上、感情上都接受不了，连当年南通港码头的工人看到是医学院的东西，都拒绝往船上搬，不愿干此活。医学院与人民群众的病痛健康关系密切，学院迁走，一批在学院兼职的名医教授必然随行，学院迁走附属医院就不会存在，医院医疗水平和质量将会下降，人们普遍担忧。当时正当毛泽东发表《关于正确处理人民内部矛盾的问题》一文并提倡“百家争鸣、百花齐放”。当时的民盟盟员、南通市政协副秘书长、苏北医学院办公室副主任曹书田先生，紧急呼吁停止迁校，请求保留南通医学院。电报引起了中央领导和省市领导的高度重视，省委派出省委常委、组织部长高啸平、副省长季方为首的工作组来通听取各方意见，与市领导共同研究处理此事。根据各方意见，大家虽认为苏州条件比南通好，迁苏州是对培养人才和开展科研有利，但也要从南通的实际情况出发，南通本来发展不快，再把仅有的一所高校迁走，一定会带来负面影响。
通过政协常委会协商讨论，提出了折中处理方案：①迁校后在南通市设立分院；②保留附属医院，请省有关部门大力扶持改善附院的设备，使医院办得更好一些。这个方案在6月中旬市里召开的二届二次人代大会、政协一届三次全委会上通过，并得到大家的理解和支持。6月下旬南通医学院开始迁往苏州，同时留下了一批讲师和黄竺如、李志学等著名教授续办南通分院。（附：曹书田的斗胆上书为保住南通医学院起了很大作用，可惜的是，因此电报曹书田在文革中被打为右派分子，吃尽艰苦，1966年8月的一天深夜，他只身离家出走，从此杳无音信。）
1958年，苏州医学院南通分院经过一年多的充实发展，南通市委上报，要求将苏州医学院南通分院更名为南通医学院，不久得到批准。
迁往苏州组建苏州医学院的部分于1962年底划归第二机械工业部（后改为核工业部、核工业总公司），1999年划归省管，2000年4月并入苏州大学，即今之苏州大学医学部。
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