什么是CHIP-PCR？什么是CHIP-chip？ 什么是染色质免疫共沉淀技术（ChIP）？
\u4ec0\u4e48\u662fchip\u5143\u4ef6\uff1f \u5bf9\u5e94chip \u5143\u4ef6\u8fd8\u5206\u54ea\u51e0\u79cd\u7c7b\u578b\uff1fchip\u6307\u5c0f\u7684\u5143\u4ef6\uff0c\u59820603\uff0c0805\u7b49\u5c0f\u5c01\u88c5\u5c3a\u5bf8\u7684\u5143\u5668\u4ef6\u3002
\u67d3\u8272\u8d28\u514d\u75ab\u5171\u6c89\u6dc0\u6280\u672f\u662f\u5728\u4fdd\u6301\u7ec4\u86cb\u767d\u548cDNA\u8054\u5408\u7684\u540c\u65f6\uff0c\u901a\u8fc7\u8fd0\u7528\u5bf9\u5e94\u4e8e\u4e00\u4e2a\u7279\u5b9a\u7ec4\u86cb\u767d\u6807\u8bb0\u7684\u751f\u7269\u6297\u4f53\uff0c\u67d3\u8272\u8d28\u88ab\u5207\u6210\u5f88\u5c0f\u7684\u7247\u65ad\uff0c\u5e76\u6c89\u6dc0\u4e0b\u6765\u7684\u6280\u672f\u3002
\u8fd9\u9879\u6280\u672f\u4e3b\u8981\u7528\u6765\u5206\u6790\u76ee\u6807\u57fa\u56e0\u6709\u6ca1\u6709\u6d3b\u6027\u3001\u6216\u8005\u5206\u6790\u4e00\u79cd\u5df2\u77e5\u86cb\u767d\uff08\u8f6c\u5f55\u56e0\u5b50\uff09\u7684\u9776\u57fa\u56e0\u6709\u54ea\u4e9b\u3002\u8be5\u6280\u672f\u4e3b\u8981\u5e94\u7528\u4e8e\u4ee5\u4e0b\u51e0\u65b9\u9762\uff1a
1.\u7ec4\u86cb\u767d\u4fee\u9970\u9176\u7684\u6297\u4f53\u4f5c\u4e3a\u201c\u751f\u7269\u6807\u8bb0\u201d
2.\u8f6c\u5f55\u8c03\u63a7\u5206\u6790
3.\u836f\u7269\u5f00\u53d1\u7814\u7a76
4.\u6709\u4e1d\u5206\u88c2\u7814\u7a76
5.DNA\u635f\u5931\u4e0e\u51cb\u4ea1\u5206\u6790
\u6269\u5c55\u8d44\u6599\uff1a
\u5b9e\u9a8c\u6b65\u9aa4\uff1a
1\u3001\u7ec6\u80de\u56fa\u5b9a
\u7532\u919b\u80fd\u6709\u6548\u7684\u4f7f\u86cb\u767d\u8d28-\u86cb\u767d\u8d28\uff0c\u86cb\u767d\u8d28-DNA\uff0c\u86cb\u767d\u8d28-RNA\u4ea4\u8054\uff0c\u5f62\u6210\u751f\u7269\u590d\u5408\u4f53\uff0c\u9632\u6b62\u7ec6\u80de\u5185\u7ec4\u5206\u7684\u91cd\u65b0\u5206\u5e03\u3002\u7532\u919b\u7684\u4ea4\u8054\u53cd\u5e94\u662f\u5b8c\u5168\u53ef\u9006\u7684\uff0c\u4fbf\u4e8e\u5728\u540e\u7eed\u6b65\u9aa4\u4e2d\u5bf9DNA\u548c\u86cb\u767d\u8d28\u8fdb\u884c\u5206\u6790\u3002\u4ea4\u8054\u6240\u7528\u7684\u7532\u919b\u7ec8\u6d53\u5ea6\u4e3a1%\uff0c\u4ea4\u8054\u65f6\u95f4\u901a\u5e38\u4e3a5\u5206\u949f\u52301\u4e2a\u5c0f\u65f6\uff0c\u5177\u4f53\u65f6\u95f4\u6839\u636e\u5b9e\u9a8c\u800c\u5b9a\u3002
\u503c\u5f97\u6ce8\u610f\u7684\u662f\uff0c\u4ea4\u8054\u65f6\u95f4\u5982\u679c\u8fc7\u957f\uff0c\u7ec6\u80de\u67d3\u8272\u8d28\u96be\u4ee5\u7528\u8d85\u58f0\u6ce2\u7834\u788e\uff0c\u5f71\u54cdChIP\u7ed3\u679c\uff0c\u800c\u4e14\u5b9e\u9a8c\u6750\u6599\u4e5f\u5bb9\u6613\u5728\u79bb\u5fc3\u8fc7\u7a0b\u4e2d\u4e22\u5931\u3002\u4ea4\u8054\u65f6\u95f4\u5982\u679c\u8fc7\u77ed\uff0c\u5219\u4ea4\u8054\u4e0d\u5b8c\u5168\uff0c\u4ea7\u751f\u5047\u9634\u6027\u3002\u7532\u919b\u7684\u4ea4\u8054\u53cd\u5e94\u53ef\u88ab\u52a0\u5165\u7684\u7518\u6c28\u9178\u7ec8\u6b62\u3002
2\u3001\u67d3\u8272\u8d28\u65ad\u88c2
\u4ea4\u8054\u540e\u7684\u67d3\u8272\u8d28\u53ef\u88ab\u8d85\u58f0\u6ce2\u6216Micrococcal Nuclease\u5207\u6210400~600 bp\u7684\u7247\u6bb5\uff08\u7528\u743c\u8102\u7cd6\u51dd\u80f6\u7535\u6cf3\u68c0\u6d4b\uff09\uff0c\u4ee5\u4fbf\u66b4\u9732\u76ee\u6807\u86cb\u767d\uff0c\u5229\u4e8e\u6297\u4f53\u8bc6\u522b\u3002\u8d85\u58f0\u6ce2\u662f\u4f7f\u7528\u673a\u68b0\u529b\u65ad\u88c2\u67d3\u8272\u8d28\uff0c\u5bb9\u6613\u5f15\u8d77\u5347\u6e29\u6216\u4ea7\u751f\u6ce1\u6cab\uff0c\u8fd9\u90fd\u4f1a\u5f15\u8d77\u86cb\u767d\u8d28\u53d8\u6027\uff0c\u8fdb\u800c\u5f71\u54cdChIP\u7684\u6548\u7387\u3002
\u6240\u4ee5\u5728\u8d85\u58f0\u6ce2\u65ad\u88c2\u67d3\u8272\u8d28\u65f6\uff0c\u8981\u5728\u51b0\u4e0a\u8fdb\u884c\uff0c\u4e14\u8981\u8bbe\u8ba1\u65f6\u65ad\u65f6\u7eed\u7684\u8d85\u58f0\u7a0b\u5e8f\uff0c\u4fdd\u8bc1\u4f4e\u6e29\u3002\u53e6\u5916\uff0c\u8d85\u58f0\u63a2\u5934\u8981\u5c3d\u91cf\u6df1\u5165\u7ba1\u4e2d\uff0c\u4f46\u4e0d\u63a5\u89e6\u7ba1\u5e95\u6216\u4fa7\u58c1\uff0c\u4ee5\u514d\u4ea7\u751f\u6ce1\u6cab\u3002\u603b\u8d85\u58f0\u65f6\u95f4\u4e5f\u4e0d\u8981\u592a\u957f\uff0c\u4ee5\u514d\u86cb\u767d\u964d\u89e3\u3002
\u6280\u672f\u5e94\u7528\uff1a
1\u3001Micrococcal Nuclease\u53ef\u4ee5\u5c06\u67d3\u8272\u8d28\u5207\u6210\u4e00\u5230\u51e0\u4e2a\u6838\u5c0f\u4f53\uff0c\u6bd4\u8d85\u58f0\u6ce2\u5904\u7406\u7684\u7ed3\u679c\u66f4\u7cbe\u81f4\uff0c\u66f4\u5747\u4e00\u3002\u53e6\u5916\uff0c\u9176\u53cd\u5e94\u7684\u6761\u4ef6\u6bd4\u8f83\u6e29\u548c\uff0c\u5bf9DNA\u548cDNA-\u86cb\u767d\u590d\u5408\u7269\u7684\u635f\u4f24\u8f83\u5c0f\uff0c\u800c\u4e14\u86cb\u767d\u4e0d\u6613\u53d8\u6027\u3002\u9176\u5904\u7406\u67d3\u8272\u8d28\u9002\u7528\u4e8e\u65b0\u9c9c\u7684\u7ec6\u80de\u6216\u7ec4\u7ec7\u6837\u54c1\u548c\u51b0\u51bb\u6837\u54c1\u3002\u5728\u7814\u7a76\u7ec4\u86cb\u767d\u65f6\uff0c\u7ecf\u5e38\u91c7\u7528\u6ca1\u7ecf\u8fc7\u7532\u919b\u56fa\u5b9a\u7684Native ChIP\uff08N-ChIP\uff09\u7684\u7814\u7a76\u65b9\u6cd5\u3002
\u56e0\u4e3aN-ChIP\u6ca1\u7ecf\u8fc7\u7532\u919b\u56fa\u5b9a\uff0c\u8d85\u58f0\u6ce2\u5904\u7406\u4f1a\u6253\u65ad\u7ec4\u86cb\u767d\u548cDNA\u7684\u7ed3\u5408\uff0c\u6240\u4ee5\u53ea\u80fd\u9009\u62e9\u9176\u5904\u7406\u67d3\u8272\u8d28\u7684\u65b9\u6cd5\u3002\u5bf9\u4e8e\u7532\u919b\u56fa\u5b9a\u7684\u6837\u54c1\uff0c\u4e00\u822c\u9009\u62e9\u8d85\u58f0\u6ce2\u5904\u7406\u65b9\u6cd5\u3002\u4e5f\u6709\u7814\u7a76\u4eba\u5458\u4f7f\u7528\u9176\u5904\u7406\u7684\u65b9\u6cd5\u7814\u7a76\u7532\u919b\u56fa\u5b9a\u8f83\u6e29\u548c\u7684\u6837\u54c1\u3002
2\u3001\u67d3\u8272\u8d28\u514d\u75ab\u6c89\u6dc0\u7684DNA\u9002\u7528\u4e8e\u591a\u79cd\u5206\u6790\u65b9\u6cd5\u3002\u5982\u679c\u76ee\u7684\u86cb\u767d\u7684\u9776\u5e8f\u5217\u662f\u5df2\u77e5\u7684\u6216\u9700\u8981\u9a8c\u8bc1\u7684\uff0c\u53ef\u91c7\u7528\u72ed\u7f1d\u6742\u4ea4\uff08Slot blot\uff09\u7684\u65b9\u6cd5\uff0c\u628a\u9776\u5e8f\u5217\u7279\u5f02\u6027\u63a2\u9488\u4e0e\u67d3\u8272\u8d28\u514d\u75ab\u6c89\u6dc0\u7684DNA\u6742\u4ea4\uff0c\u6765\u9a8c\u8bc1\u76ee\u7684\u86cb\u767d\u4e0eDNA\u9776\u5e8f\u5217\u7684\u7279\u5f02\u6027\u7ed3\u5408\u3002
\u8fd8\u53ef\u4ee5\u6839\u636e\u9776\u5e8f\u5217\u8bbe\u8ba1\u5f15\u7269\uff0c\u7528\u534a\u5b9a\u91cfPCR\u7684\u65b9\u6cd5\u8fdb\u884c\u6d4b\u5b9a\uff0c\u6216\u91c7\u7528Real-time PCR\u65b9\u6cd5\u8fdb\u884c\u5b9a\u91cf\u5206\u6790\u3002\u5982\u679c\u76ee\u7684\u86cb\u767d\u7684\u9776\u5e8f\u5217\u662f\u672a\u77e5\u7684\u6216\u9ad8\u901a\u91cf\u7684\uff08high-throughput\uff09\uff0c\u53ef\u91c7\u7528Southern\u6742\u4ea4\u3002\u4f46\u56e0\u4e3a\u514d\u75ab\u6c89\u6dc0\u7684DNA\u91cf\u8f83\u5c11\uff0c\u6240\u4ee5\u5728\u7814\u7a76\u65f6\u901a\u5e38\u8981\u7528PCR\u65b9\u6cd5\u6269\u589eDNA\u63a2\u9488\uff0c\u518d\u8fdb\u884c\u6574\u4e2a\u57fa\u56e0\u7ec4\u626b\u63cf\u3002
\u8fd8\u53ef\u4ee5\u628a\u6c89\u6dc0\u7684DNA\u514b\u9686\u5230\u8f7d\u4f53\u4e2d\uff0c\u8fdb\u884c\u6d4b\u5e8f\uff0c\u5bfb\u627e\u8be5\u5e8f\u5217\u9644\u8fd1\u7684\u5f00\u653e\u9605\u8bfb\u6846\uff0c\u53d1\u73b0\u65b0\u7684\u57fa\u56e0\u8c03\u8282\u5e8f\u5217\u3002
3\u3001\u76ee\u524d\uff0c\u968f\u7740\u4eba\u7c7b\u57fa\u56e0\u7ec4\u6d4b\u5e8f\u5de5\u4f5c\u7684\u57fa\u672c\u5b8c\u6210\uff0c\u7814\u7a76\u76ee\u7684\u86cb\u767d\u548c\u6574\u4e2a\u57fa\u56e0\u7ec4\u7684\u76f8\u4e92\u4f5c\u7528\u9010\u6e10\u6210\u4e3a\u7814\u7a76\u7684\u70ed\u70b9\u3002\u7531\u4e8e\u57fa\u56e0\u7ec4\u4e2d\u7684\u4fe1\u606f\u91cf\u975e\u5e38\u5927\uff0c\u4e0a\u8ff0\u5e38\u89c4\u65b9\u6cd5\u901a\u5e38\u65e0\u6cd5\u6ee1\u8db3\u79d1\u7814\u7684\u9700\u8981\u3002\u8fd1\u5e74\u6765\u53d1\u5c55\u8d77\u6765\u7684ChIP-chip\u6280\u672f\u5c06\u57fa\u56e0\u7ec4DNA\u82af\u7247\uff08chip\uff09\u6280\u672f\u4e0e\u67d3\u8272\u8d28\u514d\u75ab\u6c89\u6dc0\u6280\u672f\uff08ChIP\uff09\u76f8\u7ed3\u5408\uff0c\u4e3a\u7814\u7a76\u76ee\u7684\u86cb\u767d\u4e0e\u6574\u4e2a\u57fa\u56e0\u7ec4\u76f8\u4e92\u4f5c\u7528\u63d0\u4f9b\u4e86\u53ef\u80fd\u3002
ChIP-chip \u6280\u672f\u901a\u8fc7\u6807\u8bb0\u67d3\u8272\u8d28\u514d\u75ab\u6c89\u6dc0\u5bcc\u96c6\u7684DNA\u7247\u6bb5\uff0c\u548c\u53e6\u4e00\u4e2a\u88ab\u6807\u8bb0\u4e0d\u540c\u63a2\u9488\u7684\u5bf9\u7167\u7ec4\u6837\u54c1\u4e00\u8d77\uff0c\u4e0eDNA\u82af\u7247\u6742\u4ea4\uff0c\u518d\u5229\u7528\u5404\u79cd\u751f\u7269\u4fe1\u606f\u5b66\u65b9\u6cd5\u5bf9\u6536\u96c6\u5230\u7684\u4fe1\u53f7\u8fdb\u884c\u5206\u6790\uff0c\u5177\u4f53\u7684\u5b9e\u9a8c\u6b65\u9aa4\u8bf7\u53c2\u8003Dr. Richard Young\u5728Nature Protocols\u4e0a\u7684\u6587\u7ae0\u3002
ChIP-chip\u6280\u672f\u5df2\u7ecf\u88ab\u5e7f\u6cdb\u5e94\u7528\u4e8e\u7814\u7a76\u8f6c\u5f55\u56e0\u5b50\u5728\u6574\u4e2a\u57fa\u56e0\u7ec4\u4e2d\u7684\u4fe1\u53f7\u7f51\u7edc\uff0c\u67d3\u8272\u8d28\u4fee\u9970\u673a\u5236\u5728\u57fa\u56e0\u7ec4\u4e2d\u7684\u8c03\u63a7\uff0cDNA\u7684\u590d\u5236\uff0c\u4fee\u590d\u4ee5\u53ca\u4fee\u9970\uff0c\u57fa\u56e0\u7684\u8f6c\u5f55\u4e0e\u6838\u8fd0\u8f93\u7b49\u8bf8\u591a\u65b9\u9762\u3002
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chip-chip是染色质免疫共沉淀技术（ChIP）及与芯片方法的结合。
应用
ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。
ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的结合和条件特异性；组蛋白的修饰，组蛋白修饰蛋白和染色体重建。
ChIP-chip在描述转录结合因子动力学中的研究、染色体结构组分的分布、在组蛋白的修饰、组蛋白修饰蛋白和染色体重建中的应用也十分广泛。
ChIP-chip技术的优点是，可以在体内进行反应；在给定的检验细胞环境的模式下得到DNA相互关系的简单影像；使用特异性修正抗体鉴定与包含有一个特异性后转录修正的蛋白质的相关位点；直接或者间接（通过蛋白质与蛋白质的相互作用）的鉴别基因组与蛋白质的相关位点。
缺点是：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难于获得；为了获得高丰度的结合片段，必须实验演示胞内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的基因的获取可能需要限制在组织来源中。
总之，ChIP-chip技术的发展为析活细胞或组织中DNA与蛋白质的相互关系提供了一个极为有力的工具。在未来的研究中，将对芯片的构建进行改进，提高其实用性。使用易于获得抗体，增加这种方法的可用性。
前面的CHIP:是染色质免疫共沉淀技术，详见 http://baike.baidu.com/view/1485211.htm
它特异的富集目的蛋白结合的DNA片段，后续以PCR验证拉下的DNA片段
，则叫CHIP-PCR，如果以芯片（chip）的方式检测，则叫CHIP-chip，如果直接测序叫CHIP-seq
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