chipseq峰图怎么看
答：对于高级数据分析，我们有更深入的处理步骤。首先，我们将ChIP-Seq序列与参考序列进行比对，以确定序列的准确性和一致性。接着，进行Peak calling，即找出样品中显著的DNA区域（峰检测和计数），并计算平均峰长度和峰长的中位数。我们还关注样品Uniquely mapped reads在基因区域和基因间区的分布情况，以及对...
答：组蛋白修饰chipseq和转录因子chipseq区别是形状不同。1、组蛋白修饰chipseq是圆形，点状结合和更长的染色质结构域。2、转录因子结合是棱形，它的特征峰，峰型高，而且窄。
答：因此可通过CHIP-seq分析组蛋白修饰的分布寻找基因的启动子区和增强子区域及其是激活或抑制基因表达。H3K4me1可作为增强子的标志，H3K4me3作为启动子标志。研究表明，H3K4me1和H3K4me3与基因激活相关，H3K4me3主要富集在转录起始位点附近的启动子区域，而大多数H3K4me1修饰富集在增强子区域；H3K27ac与基因激活相关...
答：DNA洗脱后，通过一系列纯化步骤，确保样品纯净，然后进行浓度测定。接下来，DNA将进入测序的殿堂，无论是ChIP-seq还是实时定量PCR，都是为了揭示隐藏在基因调控背后的秘密。五、分析DNA，揭示生命密码的奥秘 最后的生信分析篇将深入解析这些数据，通过挖掘motif，揭示基因表达调控的分子机制。ChIP实验就像一场...
答：因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。具体命令如下：macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 ...
答：ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效...
答：染色质免疫沉淀后测序(ChIP-seq)是一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。随着测序成本的降低,ChIP-seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。在这篇文章中,我们对前面的内容做一个总结,分析下现阶段ChIP-seq存在着哪些需要注意的问题以及我们该如何更好地利用这项技术获得研究成果...
答：一是直接比较 ，即首先得到差异基因与ChIP-Seq靶基因的overlap，然后选择一些关键基因比较一下谱图。BETA包括三个命令取决于输入数据格式和想要的输出数据（可以参考嘉因的帖子 ChIP-seq和RNA-seq整合分析，BETA最擅长 | 自己分析数据的完美解决方案 ）工作原理 ...
答：ChIP-seq目标是找到蛋白和DNA的作用位置，所以先要让蛋白和DNA进行交联，之后用超声打碎，再用抗体把与蛋白结合的DNA收集起来测序。在MACS发表的2008年，那个时候的测序大多都以单端50bp为主，而超声破碎的片段肯定大于50 bp（这可以通过电泳图来了解），也就是说最开始的SE50数据比对到参考基因组之后，...
答：1.3 GC 标准化 (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) 目标序列和背景序列会基于GC含量按5%作为bin 查看GC含量的分布。背景序列会得到权值，从而使得其GC含量分布与目标序列一致。 ChIP-Seq 实验得到序列GC含量。1.4 自动标准化 (New with v3.0, homer2/findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl) ...
网友评论：
乌艳17011568866：
如何看测序的胶图 -
36170能变
： 有很多软件可以看峰图,比如ABI的Sequencing Analysis Software和seqscanner等,但是都一般用chromas这个软件来看峰图. 峰的高低说明了信号的强弱,宽窄表示的是分离效果,可以对比板胶电泳的亮度和条带的宽窄.重叠则说明了样品中有长度相同但是序列不同的片段.
乌艳17011568866：
如何读质谱图 -
36170能变
：[答案] 用二维方法来看. 1,横坐标代表的是分子离子峰及碎片峰,这有助于你判断物质的分子量及可能的主要结构. 2,纵坐标代表的是分子碎片的稳定程度,这有助于你判断碎片相近的物质区分,比如可以通过质谱图直接判断二甲苯的三种构型,就是利用...
乌艳17011568866：
核磁共振氢谱积分强度怎么看?比如这张 -
36170能变
： 图谱都有积分曲线(见图中从左向右平坦或递增的线),要看各峰的相对强度,用尺子量该峰左右侧平坦部分的差即可.我大概估计了一下,从左向右的比例约为3:2:4, 自己用尺子量准确值.
乌艳17011568866：
如何读取示波器的峰峰值? -
36170能变
： 示波器上有峰峰值的选项,选上以后就测量得到的电压即为峰峰值.提高准确度,就要保证测量用的探头跟待测信号的接触良好可靠.得到的有效数字多少通常跟示波器自己的精度相关.
乌艳17011568866：
核磁共振氢谱图怎么去看,那个峰是什么意思 -
36170能变
： 核磁共振氢谱图是检测不同环境的H. 有几个峰说明有几种环境的H原子. 峰的高度比就是不同环境H个个数比. 如乙醇CH3CH2OH 就有3种不同环境的H. 就有3个峰. 峰的高度比是3:2:1
乌艳17011568866：
横坐标 - 质谱图分析横坐标纵坐标代表什?质谱图分析横坐标纵坐标代表什么
36170能变
： 在质谱图中,横坐标表示离子的质荷比(m/z)值,从左到右质荷比的值增大,对于... 怎么判断分子离子峰?一般是最大的明显可见碎片.如果有已经结构就好办,如果没有...
乌艳17011568866：
怎样看懂质谱图?请简要概括 -
36170能变
： 最先看分子离子峰.怎么判断分子离子峰?一般是最大的明显可见碎片.如果有已经结构就好办,如果没有,一般判断出分子离子峰之后,要进行确认.确认的办法是看最大的碎片和第二大的碎片的差值是否合理.多数减15,也有减18或43,这样看具体情况.如果有这样的碎片就认为是分子离子峰的可能性很大.然后再看基峰.基峰是质谱图二维结构中的纵向看法.从基峰来判断物质最为稳定的碎片是不是和你想象的相同,以此为基础增减碎片来判断其它的可能结构. 具体解析可以参考分析化学手册 第九分册的质谱一书.
乌艳17011568866：
核磁共振波谱法实际谱图里几重峰如何看? 比如说这张吧...怎么分析呢...?求看图方法和详细解题过程,要像大学分析课本里那样的解法.要分析得清楚才给... -
36170能变
：[答案] 峰的位置对应高场低场,面积已经用软件给你积分出来了,裂分峰说明同存在阿尔法氢(如果是共轭的贝塔氢也会干扰产生裂分峰),裂分峰个数复合(n+1)规则(最后这句话是我印象中的,太久没接触忘了是怎么描述的)
乌艳17011568866：
质谱法的原理&如何看质谱图? -
36170能变
： 1.质谱就是真空中,利用电子束轰击待测化学物质的分子,将该分子打散,打成一个一个的带电荷的分子离子片段,再根据质谱仪上各个分子离子片段的出峰位置和强度,最终显示出各个离子的分子量以及相应浓度. 2.最右面的峰是全分子的离...
乌艳17011568866：
质谱图怎么看?有什么用? -
36170能变
： 看不懂质谱图?,我们怎么看质谱图? 质谱图的解释 在质谱图中,每个质谱峰表示一种质荷比 m/z 的离子,质谱峰的强度表示该种离子峰的多少. 横坐标表示 m/z (实际上就是磁场强度),由于分子离子或碎片离子在大多数情况下只带一个正...
