2个Chip-seq样本差异peak分析
因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。
具体命令如下：
macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 4191608 --d2 3233028 --o-prefix BZU2_CK
其中：--t1, --c1, --t2, --c2是运行MACS2 callpeak时候的中间结果。
--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。
然后运行结束会有三个文件：
其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；
文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。
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