chip-seq片段化较小
答：4、仪器故障：有时是因为仪器故障导致建库失败。建议定期对仪器进行维护和保养，发现问题及时进行处理。5、质控失败：尽管库的建立符合要求，但在质控过程中，出现的异常情况也会导致建库失败。这可能需要对质控的过程和标准进行详细的分析和评估。在Chip-seq建库流程中，要进行多种操作，因此在建库失败后...
答：ChIP-Seq技术在生物学研究中扮演着关键角色，研究人员如Ellen Markljung等通过该技术揭示了家猪IGF2基因的神秘面纱。IGF2基因编码的Insulin-like growth factor 2，其第三内含子单碱基的替换G→A导致了抑制因子ZBED6结合位点的丧失。这一变化显著影响了IGF2在骨骼肌中的表达，使其表达量提升至正常水平的...
答：虽然Drop-ChIP第一次实现了单细胞水平ChIP-seq，然而这一技术依赖特殊的微流控装置，并且每个细胞只能捕获到约800个DNA片段，这极大地限制了这项技术的推广应用。随后开发的scChIC-seq虽然实现了单细胞水平的解析，但是获得的单细胞数据的基因组比对率只有约6.1 %，大大增加了测序成本，且通量较低。另外...
答：第一行：参考基因组 第二行：样本reads覆盖情况 第三行：control reads覆盖情况 参考： https://www.bilibili.com/video/av54898325?from=search&seid=16669728483429689132 https://www.jianshu.com/p/a17f2870addd 由于ChIP-Seq实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建...
答：蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
答：目前，好像并没有标准化的方法用来整合比较这三种数据。不过在文献中可以看到有很多相同的或不同的思路和方法做整合分析，大家可以在学习交流群中推荐文献，一起解读学习。 下面的内容主要介绍这一节课程中RNA-Seq和ChIP-Seq的整合分析中提到的两种方法： 一是直接比较 ，即首先得到差异基因与ChIP-...
答：Chip和Chip-seq是常用于研究基因组中染色质和蛋白质相互作用的实验技术。Chip实验用于检测染色质中特定蛋白质与DNA之间的相互作用。该技术通过使用特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，并利用免疫沉淀、洗涤和DNA提取等步骤来分离和富集特定DNA序列。通过这种方式，可以获取与目标蛋白质结合的DNA序列。Chip...
答：DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法，用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平，检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案，在体外重组表达转录因子蛋白，与基因组DNA相互作用，对与重组蛋白结合的DNA测序，分析获得蛋白结合的基因位置，以及...
答：将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签...
答：一般，RelCC在所有的ChIP样本中大于1，表示具有较高的信噪比；FragLength也应该与文库制备过程中设定的片段长度接近 一个高质量的ChIP实验，会在POI附近形成非常显著的reads富集，会在正负链发现双峰分布 Cross-Correlation scores的计算：Pearson’s linear correlation between coverage for each complementary ...
网友评论：
羊滕15086857897：
chip - exo sequencing和chip - seq的区别 -
65265佴委
： exo就是exonucleases,能够从5'至3'方向消化没有和蛋白结合的DNA.我的理解是,这样使得chip-exo捕获的片段更小,peak calling的精度更高,同时计算的motif也能更准确.
羊滕15086857897：
CHIP - seq的基本介绍 -
65265佴委
： 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究.将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段.ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序.研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息.
羊滕15086857897：
怎么把染色体转化成基因名字 chip seq -
65265佴委
： 46:46条染色体;XY:指男性;del(15q11.1q13.1):指15号染色体q11.1到15号染色体q13.1位置片段缺失;seq[GRCh37/hg19](20,415,466-28,406,915)*1:指以GRCh37/hg19的人类参考序列为蓝本,15号染色体20,415,466-28,406,915位置为1拷贝(也就是缺失的意思),是del(15q11.1q13.1)的另一种表示方法.
羊滕15086857897：
CHIP - seq的应用领域 -
65265佴委
： 由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;(4)CTCF转录因子研究.
羊滕15086857897：
样本甲醛处理后还能提取到完整的dna吗 -
65265佴委
： 跟提取的整个流程有关,如果提取的质量好,DNA片段是完整的.但是,即使再小心,也会有部分的片段化,通过琼脂糖电泳检测,一般条带大于10kb,可以认为提取合格,满足大多数实验要求.
羊滕15086857897：
chip - seq找转录因子结合位点用什么抗体 -
65265佴委
： 在clade选择Mammal,genome选择Human,assmebly选择最新的数据库,gene中输入ANKH,在track中选择RefSeq Genes,在output format中选择sequence,点击get output,根据需要选择序列,选择genomic-submit.
羊滕15086857897：
细胞凋亡的生化特征主要有哪些 -
65265佴委
： 1.形态学变化形态学观察细胞凋亡的变化是多阶段的,细胞凋亡往往涉及单个细胞,即便是一小部分细胞也是非同步发生的.首先出现的是细胞体积缩小,连接消失,与周围的细胞脱离,然后是细胞质密度增加,线粒体膜电位消失,通透性改...
羊滕15086857897：
chip - sequencing得到的是什么数据 -
65265佴委
： 随着学科的发展,目前许多研究都涉及高通量数据分析 (high throughput data analysis). 比较常见的是测序结果分析,例如RNA-seq、CHIP等等. 众所周知,数据分析是高通量测序应用于生物研究最关键的步骤,分析不好,得到的海量数据无异于一堆垃.
